BOINC@Poland

Ahoj wszystkim! Z zdziwieniem zauważyłem, że nie bierzemy udziału w wyścigu świątecznym World Community Grid i aż się zalogowałem z oburzenia!  :attack:

Tymczasem wszystkiego wspaniałego wszystkim przez 12 dni świąt i cały rok, wiele radości w życiu i GIPSów pod kilem!  :parrrty:

Z okazji kolejnego udanego przejścia przez przesilenie zimowe, wiele uszek, kutii i spokoju kamrrratom, a w nadchodzacym roku zdrowia, szczęścia i kilowatów pod kilem. Ahoj!  :parrrty:

   
  *) - nowi użytkownicy w projekcie

BOINC@Poland  -  41.718.666,70

---

---

      
Einstein@Home -  71.490.027,50
Albert@Home -  31.185,00

---

---

Aegis Maelstrom

Ahoj kamrrraci!  :attack:

Czy to kanikuła tak zmogła, bo nie widzę głosowania nad projektami na lipiec? Czyżby nam się zacięły projekty miesiąca?  :fright:

Aloha po przerwie.

Od długiego czasu jak sójka za morze myślę o kupnie stacjonarki - aczkolwiek widząc jak mi to idzie nie była mi ona chyba krytycznie do szczęścia potrzebna.

Niemniej, przydałby się mocniejszy komputer do pracy przy biurku, z monitorem, myszką i wygodna klawiaturą (i niekoniecznie jako podłączony laptop), do Internetu, jako stacja multimedialna (puszczenie mediów na monitor/telewizor w tym możliwie H.265 full hd, może służenie jako NAS), ogólnego productivity. Jako użytkownik rzadko restartuję komputer, wolałbym pracę na 2+ dużych monitorach, masa zakładek itp. więc maszyna mocniejsza od średniej biurowej (np. więcej RAM) się przyda. Przy okazji z myślą o BOINC - choć to ostatnie jest nieco problemem, bo np. generalnie nie mam czasu na gry komputerowe i nie kompiluję jądra Linuksa, więc mocny procesor, karta graficzna itp. to już generalnie ekstrawagancje pod ulubioną platformę przetwarzania rozproszonego. :D

Dawno temu byłem z sprzętem na bieżąco, teraz jest z tym u mnie znacznie gorzej, więc poproszę o radę. Kiedyś myślałem o używce, zwłaszcza gdyby się pojawił Xeon z Ivy Bridge i to jest jakaś opcja. Z drugiej strony mam jeszcze bony podarunkowe do rtv euro, które będę musiał jakoś wydać, a np. obecnie kupno telewizora (czekam na nowsze) czy agd nie ma dla mnie wielkiego sensu.

Sam się dziwię, że się pytam o komputer z marketu z elektroniką (jak pani Jadzia księgowa, ale widocznie takie czasy dla mnie nastały :D). Zauważyłem coś takiego za całe 3699 (w tym udziwniona klawiatura):
http://www.euro.com.pl/komputery-stacjonarne-pc/lenovo-y700-i7-6700-8gb-1tb-gtx750-ti-w10.bhtml#opis

HDD tam takie, by OS wystartował i coś trzeba kupić (i to raczej i SSD i HDD). Podobnie napęd optyczny, jeśli ma być itp. Z muzyki i tak chcę docelowo Xonar Essence lub podobne.

Jeden plus: jest już DDR4 (choć nie wiem jak rozłożone na kościach - czy są wolne banki), Skylake w najnowszym procesie technologicznym (choć tak, wiem, postęp u Intela się zatrzymał, a wręcz czasem cofa, bo Intel kombinuje z szynami danych i dławi karty grafiki).

Minusy: w obudowie tylko jedno wyjście HDMI, zero DVI (zdjęcie wydaje się to potwierdzać) - co jest totalnym kretynizmem, bo wolałbym np. podłączyć dwa monitory + mieć wyjście na telewizor. W tej sytuacji by podłączyć >1 urządzenie (gtx750 Ti ma więcej wyjść), musiałbym rozwiercić tę obudowę?

Niewiadoma: nie wiem jak tutaj będzie z I/O: czy można spokojnie jednocześnie transferować dane z GPU i np. SSD, czy jest też jakieś wąskie gardło (typu wybór albo podłączasz i masz dobry transfer tu albo tam). Więcej niż 1 GPU tam raczej i tak nie będzie.

Rozwiązanie wydaje się być gorsze od czegoś składanego z głową, sam tylko nie wiem:
1) ile coś podobnego by mnie wyniosło
2) korzystać z gotowca w tym sklepie, czy też przerzucić się na np. x-kom czy używkę, a w rtv euro pomyśleć o lodówce :D
3) czy nie celować w coś zupełnie innego (np. możliwie tanią niskowatową maszynę i dać sobie spokój).

Wiem, że to wiele pytań w jednym, za każdą poradę dzięki. :)

Przypominam, że jeszcze niecałe 9 godzin comiesięcznego wyścigu w WCG.

Obecnie dość stabilnie bronimy trzeciego miejsca przed Ukrainą, pierwsze dwa miejsca to już zwyczajowy wyścig SETI.Germany i Sojuszu Frankofonów.

Następne wyścigi: NFS, GPUGrid a potem od 24 marca do końca miesiąca nasz Einstein.

Dziś koło 14:00 polskiego czasu rozpocznie się lot testowy europejskiego eksperymentalnego pojazdu kosmicznego służącego jako lądownik kosmiczny. Pojazd zostanie wystrzelony z kosmodromu w Gujanie Francuskiej lekką europejską rakietą kosmiczną Vega na wysokość ok. 450 km (czyli nieco wyżej niż Międzynarodowa Stacja Kosmiczna - ISS), po czym zostanie sprowadzony lotem ślizgowym, tak jakby wracał np. z MSK, by przetestować lądowanie ze spadochronem na Pacyfiku. Po lądowaniu demonstrator zostanie odebrany przez odpowiedni statek Nos Aries.

Pojazd ma służyć zweryfikowaniu modeli fizycznych i zebraniu danych do ich udoskonalenia, w ramach Future Launchers Preparatory Programme Europejskiej Agencji Kosmicznej (ESA).

Filmik z montażu IXV można obejrzeć na stronie ESA: filmik 1

Transmisja z ok. 100-minutowego lotu testowego na stronie ESA dostępna tutaj, początek za niecałą godzinę.  8)

Zainteresowani zauważyli, że od kilku ładnych dni nie było jednostek na GPU - wszystko przez problemy serwera z uploadem zrobionych WU. Na szczęście wydaje się, że będzie dobrze, bo Einstein zaczął już karmić zadaniami na koprocesor graficzny. :)

Na tę okazję zaplanowany został mały wyścig od piątku 2015-01-16 13:00, z hasłem nadrobienia zaległości.

Ahoj kamrrratom!

Szukam lekkiego laptopa do pracy, w różnych miejscach: czyli po pierwsze przenośność, po drugie ergonomia (sensowna klawiatura możliwie tradycyjna i z dużym skokiem klawiszy), dobry wyświetlacz, wydajność, cicha praca, przyzwoita cena. Rozmiar pewnie 13-14 cali. Do tego sensowny serwis, bo już się bujam z międzynarodową gwarancją ASUSa na Nexusie, gdzie producent sobie leci w kulki.

Rzeczy takie jak przyzwoite głośniczki są plusem, choć przy tych założeniach się wiele nie spodziewam. Obecne tryndy są mocno niekorzystne i trudno mi coś wybrać: Intel lansuje ultrabooki z bzdetnymi ekranami dotykowymi i nawet jeśli są wąskie, to nie są aż tak lekkie a klawiaturki i trackpady to czasem żałość.

W zasadzie na papierze i na pierwszy rzut oka w miarę podobał mi się Sony Vaio 13 pro - zwłaszcza super waga 1,1 kg przy wyświetlaczu IPS.
Niestety, tutaj wystraszyły mnie raporty o psuciu się chłodzenia i trackpada i różnych problemach z wifi (podobno ostateczna wersja sterowników to ostatnie rozwiązuje). A potem Sony ogłosiło zakończenie produkcji Vaio, a w sklepach jest parę ostatnich egzemplarzy na krzyż (podobno Kra, Tychy, jakiś refurbrished :/ jest dość tanio online - 3400 brutto - ale właśnie ponaprawowy :/).

Na papierze dość przyzwoicie wygląda Lenovo X1 carbon + konfiguracja jest mocna, ekran gorszy ale 14" i waga wciąż 1,4 kg. No ale tu ceny to zupełnie inna liga - myślmy od 7 tys. w górę. Ja wiem, że porządne rzeczy kosztują, ale może da się taniej. :)

Myślałem o jakichś starszych ThinkPadach np. pomagazynowych (znalazłem takie coś jak tani-laptop kropa com) czy używki z nowym dyskiem SSD, ale to będzie chyba znacznie cięższe a niekoniecznie pewne.

Na papierze dobrze wygląda też Zenbook, ale mam czasowy uraz do ASUSa i powiedziałem sobie, że nie. Plus oni mają problem z ściąganiem najlepszych konfiguracji do Polski.

Myślałem też o HP Elitebooku 14", +/- takim jakiego ma GRID (to 8470p?) (może ew. wziąć konfig z mocniejszym wyświetlaczem) - osobiście jestem przywykły do takiej klawiatury (choć w starszych modelach była przyjemniejsza - głębsza). Waga większa niż takie Vaio Pro, ale jeszcze ujdzie.

Jako alternatywa zostaje Apple z np. zniżką edukacyjną. Klawiatura to niecałkiem moja bajka, tym bardziej sposób traktowania użytkowników jak ćwierćdebili. Ale w przyszłym roku ma być 12" Air na Broadwell. Ja wiem, że to nierozszerzalna zabawka z wkurzającym domyślnym systemem operacyjnym, ale przynajmniej z moich doświadczeń z solidnym wykonaniem i serwisem, a wersja podstawowa ma cenę niewygórowaną.

Przy takim wyborze, doradziliby mi coś koledzy? Rzucać się na tego starszego Soniaczka, ściągać coś innymi kanałami? Będę wdzięczny za porady.

Do dotychczas stosowanego w FA@h Autodock z serii 4 dochodzi Autodock Vina. Obie aplikacje wykorzystywane będą równolegle, w zależności od tego która zdaniem prowadzących jest lepsza dla danej WU. Nowe oprogramowanie nie wymaga od liczydłowych zmian w ustawieniach.

Więcej w newsie.

Hej,

szukałem dobrej strony do polecania ludziom spoza BOINC i poszperałem na naszej wiki. W wyniku tegoż pozwoliłem sobie dość mocno zaingerować w artykuł Co daje uczestnictwo w BOINC.

EDIT: w tej edycji, poza drobnymi poprawkami, chodziło mi o przekazanie kilku myśli, np.:
- właśnie nie musisz być naukowcem, by pomóc w badaniach (można się tu pobawić z nowymi hasłami reklamowymi!)
- program jest bezpieczny i pochodzi od zaufanej instytucji
- nie jest to kłopotliwe, wciąż można korzystać z komputera
- oferujemy też informację, zabawę, możliwość pochwalenia się sprzętem (overclocking? ...?)

Zachęcam do poprawiania po mnie (może nawet wycofania zmian, jeśli ktoś się nie zgadza) - ale wydaje mi się, że tak jest lepiej.

Wydaje mi się, że w ogóle warto poważnie ten samouczek przejrzeć i popoprawiać. I lecieć mocniej z rekrutacją ludzi spoza obecnych liczydłowych.  :attack:

Przez całe zamieszanie noworoczne i fuzyjne nie zauważyliśmy kilometrowego słupka.  :D

Dokładnie z końcem starego, 2011, roku przekroczyliśmy 200 milionów punktów BOINC w World Community Grid!  :parrrty:

Oznaczało to około 1 595 lat łącznego czasu przetwarzania!  :respect:

A cały czas idziemy dalej i zdobywamy kolejne szczyty, wspierając jeden z czołowych projektów BOINC! A ponieważ jest przed nami aż trzydziestu rywali do przeskoczenia, czas na zjednoczenie i werbunek nowych polskich liczydłowych i atak!  :attack:

A z taki miłej okazji oczywiście okolicznościowa notka ze statystykami!

Z życzeniami stopy wody pod kilem!

UWAGA - z powodu konserwacji serwery WCG nie odbierają i nie rozsyłają próbek!

Jednocześnie w SIMAP skończyły się próbki i np. u mnie komputer przez noc chodził na sucho.  :wth:

Jeśli ktoś ma ustawione np. tylko WCG, niech sprawdzi swoje bufory i ew. rozważy dobranie czegoś z innych projektów!

Witajcie,

święta to święta i obok obżarstwa i dodatkowego czasu na nasze hobby, rozwój forum, wiki i tym podobnych (ważnych!!) przyległości to chyba niezła okazja pokazać się z naszym zespołem, zrobić coś miłego i zacząć nawiązywać kontakty ze światkiem BOINC (i, jeśli sił starczy, nie tylko!).

Z tego powodu pomyślałem o szerokiej wysyłce życzeń świątecznych do innych zespołów BOINC, projektów itp. :) Jak pomyślałem, tak dziś zrobiłem - i napisałem już w imieniu BOINC@Poland do SETI.Germany (forum S.G), BOINC@Heidelberg, Norwegów (link), rycerzy, którzy mówią Ni! (KWSN), Włochów, a także na forach Czech National Team i SETI.USA (na tym ich obecnym forum w setiusa.us) - tyle że te dwa ostatnie posty czekają na zatwierdzenie moderatora - taką mają politykę wobec nowych kont, heh.

Czekam też na aktywację konta u Australijczyków, Brytyjczyków i w BOINC Synergy. Niestety na razie nie udało mi się zarejestrować na Sicituradastra (forum zwraca błąd, jeśli ktoś ma tam konto to niech napisze...).

Wszystkich zespołów z pewnością nie obrobię, a miejsc gdzie można napisać jest od groma i ciut (zespoły BOINC, projekty BOINC, inne zespoły i projekty przetwarzania rozproszonego, strony potencjalnie zainteresowanych naukowców, miłośników nauki czy komputerów itd.). Dlatego proponowałbym szersze ruszenie. Niech tylko każdy napisze komu składa życzenia i gdzie. :)
Akcję można oczywiśćie kontynuować z okazji Nowego Roku - a nawet bez okazji - wtedy efekty w sumie mogą być nawet lepsze, bo w zalewie życzeń i świąt mniej osób zauważy wpis od innego zespołu. Niemniej, szkoda mi było przepuścić okazji.

Czy to coś da? Trudno ocenić, w pierwszej chwili odzewu niestety nie widzę, najwyżej nieco wejść na wątki. Natomiast potencjalnie plusów z takiej akcji IMVHO trochę jest: można i pokazać zespół i może nawiązać jakiś kontakt, a nawet zaprosić kogoś do nas na pogaduchy. :) Wydaje mi się, że współpracę w światku BOINC od czegoś trzeba zacząć i to jeden z takich kroków. Dlatego gdyby ktoś chciał pomóc, będzie bardzo miło. :)

Pozdrawiam i Wesołych,  :parrrty:
a.m.

Dear visitors and fellow crunchers,

please accept the best wishes of beautiful and warm time (not only because of your double-GPUed rigs running 24/7 :D ) with the people you love and care for.  :boing:
Enjoy your time, your food, your customs and your weather and have some rest in this hectic world. Aaaand while you are having your time, do not forget about the good people from BOINC@Poland. They wish you all the best.

Happy BOINCing everybody!  :ahoy:

Yours sincerely,
aegis maelstrom
2011

Niedługo będę się rozglądał za komputerem stacjonarnym do domu (ile można się garbić slęcząc nad laptopem  ::) ), zakup przypuszczalnie w Warszawie.

Cel komputera szeroki: głównie Internet i multimedia (muzyka, filmy HD, może jako serwer mediów, pewnie dodam do niego Asusa Xonara wersję z hifi wzmacniaczem słuchawkowym), nierzadko będę chciał coś napisać, popracować z dokumentami albo policzyć. Gry może w przyszłości, chwilowo nie mam na to specjalnie czasu. Dysk: przynajmniej jeden z nich to większy HDD.
I tak wiem: w 2011 powinna sobie z tym poradzić standardowa maszynka, ale chciałbym w tle popuszczać BOINC i podokarmiać projekty CPU, może GPU.

Ograniczenia budżetowe: mogę spokojnie przeznaczyć kilka tysięcy jeśli różnica uzasadnia wyższą cenę, ale wolałbym trzymać w ryzach rachunki za prąd - zwłaszcza, że ten będzie tylko drożeć.

Zastanawiam się na ile lat planować ten zakup (czy silić się na coś potężnego, czy lepiej wymieniać bebechy częściej) oraz co stosunkowo tanio daje dobrą wydajność i stosunek moc/zużycie prądu. W przyszłym roku będzie znacznie wydajniejszy Ivy Bridge, ale czekałem już tyle lat, że trochę mi się nie chce dłużej i najwyżej potem bym coś kupił oddając starszą maszynkę rodzinie. :)

Z uwagi na CPU myślałem nad i7 z 4 rdzeniami po 2 wątki i uwagi Ryszarda i Mociumpela z tego wątku biorę pod uwagę. Nie wiem, czy GPU kupować teraz czy się wstrzymać.

Gdyby ktoś chciał coś doradzić (konfigurację, miejsce zakupu, harmonogram zakupów :) ) to zapraszam. :)

Na dniach stuknęło sumaryczne 500 000 lat mielenia projektów World Community Grid. :)

Z tej okazji podziękowania od administracji WCG oraz okolicznościowa notka i wspólne  :parrrty:.  :ahoy:

Chwała liczydłowym!  :ahoy:

Zakładam wątek poświęcony Rozetce na naszej wiki.

Na początek ogłoszenie parafialne: tydzień temu pojawił się zaległy news - 29 lipca 2011 15 miliardów punktów w Rosetta@home. Jeśli ktoś nie zauważył, zapraszam do lektury.
Jak widać od dawniejszej okolicznościowej notki oraz wątków na forum pozycja BOINC@Poland w Rosetta@home uległa znaczącej poprawie, a co więcej Rozetka będzie naszym projektem miesiąca w nadchodzącym wrześniu. Wkład drużyny jest coraz bardziej znaczący i za to wszystkim po  :parrrty:.

Sprawa druga - hasło Rosetta@home. Jak widać jest w stanie szczątkowym, zaskakującym jak na taki znaczący projekt. Domyślam się, że to z trudności napisania czegoś mądrego o Rozetce, przy niej sam chciałbym być biologiem czy chemikiem obliczeniowym. Postaram się tutaj coś dodać, ale gdyby ktoś znalazł na to czas, byłbym jeszcze szczęśliwszy. :)

Czekam na uwagi i propozycje w tym wątku. :)

Ostatnio Ars Technica zamieściła ciekawy artykuł autora bSNES - możliwie wiernego emulatora starej konsoli SNES. W długim tekście autor wyjaśnia skąd pomysł na wierny (i zasobożerny!) emulator starej konsoli i odsłania nieco kulis z tworzenia takiego emulatora. Ciekawa lektura dla anglojęzycznych! :)

BOINC@Poland jako dziewiętnasta drużyna przekroczyła pułap miliarda punktów w PrimeGrid! Z tej okazji okolicznościowa notka na wiki.

B@P dokonało tego jako drugi zespół z Polski (wyprzedzili nas koledzy z Polish National Team), potraktujmy więc to jako kolejny powód do wzrostu starań i wzmożonych wysiłków ku chwale: bandery, nauki i obliczeń rozproszonych!  :attack:  :arrr:

Hej,

powtarzając swoją prośbę, czy można prosić o:
1. połączenie dwóch dublujących się w jednej kategorii "liczenie na GPU" działów Collatz Conjecture w jeden oraz
2. utworzenie takiego działu w kategorii projekty matematyczne?

Jednocześnie trzeba odpowiednio poprzenosić wątki.

Pozdrawiam.

Dodałem news  o najnowszej publikacji w jednym z najbardziej prestiżowych (a wg impact factor nawet najbardziej) czasopism naukowych na świecie - Nature. O ile nie jest to artykuł z samego Baker Lab, to autorzy posługiwali się co najmniej oprogramowaniem (wraz z protokołami, metodologiami itd.) Rosetty wykutym w procesie Rosetta@home (czasowo nie mam łatwego dostępu do pełnej wersji i nie sprawdzę, czy same zadania obliczeniowe trafiały do R@h czy nie).

Wstawiłem go na wiki z datą 15 czerwca.

Jeśli znajdę czas, spróbuję potłumaczyć i streścić o innych publikacjach, np. w Science i Nature z maja tego roku.

Zauważyłem, że miesiąc temu drużynie stuknął miliard punktów! To chyba dobra okazja do świętowania  :parrrty: a przy okazji zamieściłem krótki news. :) Grratki wszystkim!

A swoją drogą: dlaczego Collatz nie ma swojego działu w projektach matematycznych i dlaczego są dwa działy Collatz w dziale GPU?  %) Można to posprzątać?  ;D

W wątku na forum Rozetki nowy członek zespołu Bakerlab, postdoc (czyli naukowiec już z tytułem doktora nie mający jeszcze pełnej profesorskiej tenury) Rocco Moretti informuje o najnowszym nowym rodzaju jednostek.

Nowe zadania nie będą się zajmować ani tradycyjnym dla R@H problemem przewidywania struktury przestrzennej białka, ani też nowszymi poszukiwaniami białek do odpowiedniej interakcji białko-białko ale czymś jeszcze innym: interakcjami białko - mała molekula. Jednostki te będą oznaczone jako LigDes, co jest skrótem od ligand binding protein design - projektowania protein łączących się z ligandami.

Wcześniej Rosetta@home zajmowała się nieco zbliżonymi kwestiami protein łączących się z cynkiem albo z drobnymi ligandami, ale o ile wiem nigdy w takiej formie. Obecny zestaw jednostek będzie służyć przeprojektowaniu genetycznego regulatora, by rozpoznawać różne drobne molekuły. Żywe organizmy mają kilka sposobów na włączanie odpowiednich genów w odpowiedzi na warunki środowiskowe, a jednym z nich jest wykorzystanie odpowiednich białek łączących się z drobnymi molekułami. Takie białko po połączeniu z molekułą zmienia się na tyle, by przestać łączyć się z DNA, co powoduje zaprzestanie blokowania odpowiedniego genu i jego aktywację.

Badania będą polegać na wzięciu takiego naturalnie występującego regulatora i takiej jego modyfikacji, by wiązał się z innymi molekułami (czyli reagował na inne molekuły = sytuacje środowiskowe). Umiejętność tworzenia takich regularotorów powinna być cenna dla biologii syntetycznej, umożliwiając kontrolę nad wieloma genami przy pomocy wielu sztucznych regulatorów.

Powyższe badania będą prowadzone we współpracy z naukowcami z laboratirium George'a Churcha na Harwardzie. Koledzy z Harwardu potrafią stosunkowo prosto zmaterializować dużą liczbę zaprojektowanych komputerowo protein w fizyczną postać w prawdziwej próbówce i to przetestować. :) Testy wiązań z molekułami są stosunkowo proste, więc prawie wszystkie projekty dostarczone przez Rosetta@Home powinny być przetestowane fizycznie.   

Pozostaje życzyć wiele mocy obliczeniowej i przyjemności z oglądania białek łączących się z molekułkami na wygaszaczu! :)

AnandTech zamieścił wczoraj artykuł na temat nadchodzącej nowej architektury grafik od AMD (dawne ATi), która obejmie zarówno samodzielne karty graficzne, jak i nadchodzące kolejne generacje układów CPU + GPU czyli tzw. APU takich jak obecne Llano.

Co ważne, nowa architektura w większym stopniu niż obecnie skupiać się będzie na wykorzystaniu GPU nie tylko do grafiki, lecz także do obliczeń. AMD pracuje, by takie wykorzystanie układów graficznych zyskało na popularności i efektywności. Wg informacji zdobytych przez AnandTech nowa architektura ma być łatwiej programowalna i ma oferować wsparcie dla programowania w takich język jak C++, m.in. zapewniając obsługę wskaźników, a nawet rekurencji.

Informacje przedstawione przez AMD mają umożliwić twórcom programów przygotowanie się do nowych możliwości. Nie podano żadnych terminów wejścia architektury na rynek, wiadomo że opracowywany od dawna Buldozer, czyli silna jednostka CPU + GPU dostępna od 2012 roku będzie oparty jeszcze na obecnej architekturze bazującej na VLIW4.

Dla przypomnienia: tutaj linkowałem świetny artykuł pokazujący prace nad poprzednimi generacjami Radeonów.

Pochwalę się sukcesem osobistym - właśnie zauważyłem, że udało mi się trafić najlepszy (przynajmniej dotychczas) wynik pod względem RMSD (funckji zbieżności predykcji z prawdziwą postacią białka). Niestety, nie jest to wynik najlepszy pod względem funkcji energii - co w sumie oznacza pewną słabość metodologiczną Rosetty i pewnie niedostateczną liczbę predykcji białka.

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_results.php?BatchID=21414&SubBatchName=cs-td-2-DsbA_5-11&UserID=285843

W sumie to już drugi raz, za pierwszym razem miałem minimalnie gorszą f. energii, a najlepszy wynik RMSD.

Z ciekawości, zauważyliście u siebie rekordy w RMSD lub f. energii nienotowane w wątku top predictions? Z pewnością Rosetta nie nadąża z wymienianiem wszystkich rekordzistów.

Pozdrowionka wszystkim liczydłowym!

Witam wszystkich liczydłowych i sympatyków białek!  ;D

Chciałem zauważyć, że Rosetta odniosła niedawno spory, choć wstępny, sukces w badaniach nad blokerem wymierzonym w wirus grypy. Jakość rozwiązania ostatecznie rozstrzygną badania w Instytucie Scrippsa.

Co więcej, już wkrótce zaczyna się CASP9, a razem z nim kolejne zadania. Ciekawostką są nadchodzące równocześnie spore zmiany w funkcjonowaniu projektu Rosetta@Home: m.in. dużą modernizację przeszła Robetta (od teraz jako RosettaServer) - w tym aktualizację oprogramowania do najnowszej stabilnej wersji; do tego do R@H będą kierowane jednostki z zadań nadsyłanych "do Robetty" przez zespoły naukowe z zewnątrz. Zmiany oznaczają, że komputery podłączone do R@H służyć będą nie tylko do udoskonalania narzędzi Rosetty oraz rozwiązywania pewnych partykularnych problemów wybranych przez zespół (patrz np. ten wątek), ale też do pomocy przy konkretnych problemach biochemicznych i medycznych nadsyłanych z zewnątrz. To wielka zmiana dla osób szczególnie zainteresowanych "konkretnym" badaniem stosowanym.

Z obu powodów zespół zgłasza duże zapotrzebowanie na moc obliczeniową - więc jeśli mieliście wątpliwości, czy R@H potrzebuje Waszych komputerów, zostały one rozwiane. :)

Więcej informacji na forach R@H.
Cały czas próbuję znaleźć czas by napisać odpowiednie dwa, możliwie wyczerpujące niusy na ten temat. :)

Pozdrawiam i powodzenia! :)

Uwaga, chwaliliśmy, "nie odpukaliśmy"  ;) i stało się.  :ph34r:

Pojawiły się trefne serie próbek w Docking@Home: nie wysypują się, ale cały czas pozostają na postępie 0%.  :ph34r:
Ja się zagapiłem i w ten sposób straciłem ponad 30h na Core2Duo....  :deadman:

Wiem o seriach 43 i 44. Dziś (niedziela!) odezwała się liderka projektu i potwierdziła problem. Generowanie nowych próbek zostało wstrzymane.

Sprawdźcie swoje próbki; na wszelki wypadek możecie spauzować D@H, wkrótce powinno się coś wyjaśnić.

Witajcie,

jakiś czas temu wspominałem, że 1 grudnia QMC@Home ogłosiło duże zmiany w projekcie. Dotychczasowy etap ulegał zamknięciu z pozytywnymi wynikami, a projekt zmierzał do kolejnego etapu: wdrożenia metod całkiem skutecznych dla wiązań niekowalencyjnych dla wiązań kowalencyjnych i próby wdrożenia metod skutecznych w fizyce na gruncie chemii. Oznacza to nowy program badawczy, nową aplikację, a przy okazji roszady personalne i kolejną przeprowadzkę Martina (ostatnio po skończeniu doktoratu 7 miesięcy spędził na uniwerku w Pradze  :parrrty:, teraz zakotwicza się w Cambridge  :respect: ).

Trudno opisać wszystkie zmiany w QMC, zasługują na porządny artykuł na naszej wiki.  :)

Tymczasem dość powiedzieć, że nowa aplikacja to CASINO (od metody Monte Carlo  :)) wdrożona na platformie BOINC pod nazwą QASINO (bo QMC :P). Program pochodzi z Cavendish Laboratory - wydziału fizyki na Uniwersytecie w Cambridge. W tym tygodniu zostały rozesłane pierwsze próbki beta.

Najświeższą nowinką jest otwarcie nowego podforum dla aplikacji, a na nim więcej informacji i miejsce do zgłaszania błędów. Można więc się cieszyć, że projekt się rozwija i pędzie dalej dzięki wkładowi wszystkich liczydłowych.
:parrrty:

W wolnej chwili interesująca lektura: jak powstawała obecna linia produktowa ATI i jakie problemy były z tym związane.

Ja nie wiedziałem, że projekt nowej iteracji trwa tak długo (dla Radeonów 5xxx zaczęło się już w 2006, a projekt musiał być gotowy zanim ATI wiedziało, czy RV770 w ogóle wypaliło!), ani co konkretnie może nie wyjść przy zmianie procesu technologicznego. Więcej o różnicach między czerwonymi a zielonymi, przyszłości GPU (następna iteracja czeka już do produkcji!) i wyświetlaczach holograficznych na łamach AnandTech:

http://anandtech.com/video/showdoc.aspx?i=3740

11 stron, pierwszą można pominąć bo mięsko zaczyna się od drugiej.

Miłego czytania!  8)

Kolejne cztery lata wylądowały na karku i kolejne zimowe igrzyska. Można się odprężyć widząc ludzi zasuwających na nartach po śniegu do wyprucia żył albo kręcących dwudzieste kółko na lodowisku.  %)

Transmisje wrogiem robienia czegoś produktywnego ale... każdemu należy się relaks.  :parrrty:

Więc miłego oglądania wszystkim.  :D

P.S. Jak sobie pomyślę, że moja przyjaciółka będzie na meczach hokejowych, np. Rosja - Czechy... ech...

http://www.dailyfinance.com/story/this-virus-could-be-the-answer-to-cancer/19344145/

Przy porannej prasówce natknąłem się na taki artykuł dla laików zwanych inwestorami.  :) Mała niezależna firma pracuje nad terapią rakową wykorzystującą stosunkowo łagodny wirus występujący w przyrodzie - jak rozumiem z rodziny reowirusów.

Terapia wykorzystuje rozpowszechniony typ wirusa, który powinien być niegroźny dla pacjenta, natomiast zabójczy dla pewnych typów komórek rakowych. Wirus atakuje komórki ze ścieżką wzrostu Ras, opartej o białkach z tej rodziny. Wg autorów taka ścieżka wzrostu występuje (jak rozumiem, u dorosłych pacjentów) praktycznie wyłącznie w komórkach rakowych. W ten sposób naturalnie występujący wirus umożliwia celowaną terapię (pod warunkiem odpowiedniej ekspozycji - pacjenci dostają serię zastrzyków) dającą chorym większą szansę na przeżycie i to bez poważnych dodatkowych skutków ubocznych.

Ścieżka wzrostu Ras dotyczy m.in. raka jajnika, prostaty, niedrobnokomórkowego raka płuc itp. Jest też bardzo częsty przy przerzutach - dotyczy 95-100% przypadków!

Wykonano już wstępne próby kliniczne na różnych postaciach raka, jednak najintensywniej firma pracuje nad terapią dla pacjentów dotkniętych rakiem okolic głowy/szyi (ang. head and neck cancer. Tutaj dotarto już do III fazy badań klinicznych. Head and neck cancer to bardzo złośliwa forma raka, skuteczność chemioterapii podobno wynosi ~10%. We wstępnych badaniach łączona "chemia" z "reolizyną" (taka nazwa handlowa wirusa :) ) odpowiedź na terapię rośnie do 42%.

Firmie oczywiście zależy na pozytywnych wynikach badań. W przyszłości zamierzają wypuścić leki na częstsze postaci raka, a także wreszcie związać się z wielkim inwestorem branżowym (na razie, co nietypowe, firma "siedzi" na potencjalnie "dużym" leku, a wciąż pozostaje niezależna).

I tyle: należy życzyć sukcesów i pieniędzy w NFZ, abyśmy i w Polsce kiedyś doczekali się takich cudów...

Ostatnio na forach Rosetty uaktywnili się naukowcy prowadzący badania nad interakcjami między białkami, a dokładnie zajmujący się projektowaniem białka o takiej powierzchni ("interfejsie"), by jak najlepiej pasowało ono do innej, wybranej proteiny.

Tak zaprojektowane białko może posłużyć jako lek, który będzie się łączył z cząsteczkami chorobotwórczymi, działając np. jako inhibitor.

Przez długi czas działania R@H udało się osiągnąć znaczne postępy. Zespół Sarela Fleishmana i spółki opracował nową metodologię i zwalidował ją przepuszczając przez R@H znane interakcje między proteinami, a także projektując nowe interakcje. Co ważne, garść z "prototypów" uzyskała eksperymentalne potwierdzenie.

Zespół pracuje teraz nad białkami wymierzonymi w następujące cele:

- Hemaglutyninę wirusa grypy - glikoproteina pozwalająca wirusowi na łączenie się z infektowaną komórką. Zespół R@H wziął to białko z łańcucha grypy pandemicznej (w tym "świńskiej", Hiszpanki etc.) i pracuje nad białkiem, które się z nim połączy, a jednocześnie będzie łatwiejsze w produkcji niż, już odkryte, antyciało. Wstępnie uzyskano wiele obiecujących kandydatur, już wkrótce będziemy w R@H dokładnie testować 15 z nich!

- Białko 2CGQ prątka gruźlicy - wrednej bakterii, coraz groźniejszej z powodu rosnącej popularności szczepów odpornych na znane antybiotyki. Białko 2CGQ odpowiedzialne jest za syntezę kwasu mikolowego - jednego z kwasów tłuszczowych tworzących ścianę komórkową tej bakterii. Z kolei ta nietypowa ściana jest ważnym powodem dużej odporności prątka na leczenie. Celem Tima Whiteheada jest opracowanie inhibitora białka 2CGQ, co zaburzyłoby powstawanie ochronnej ściany.

- Fc region ludzkiego antyciała, które łączy się z wieloma znanymi białkami. Celem tego badania Evy-Marii Strauch jest dopracowanie metod symulacyjnych w R@H i odtworzenie zachowań znanych z przyrody - w tym szukanie nowych połączeń i ich późniejsza weryfikacja. Docelowo naukowcy powinni poznać odpowiedź jak dobre już są ich metody i czego jeszcze nie wiedzą na temat połączeń.

Jak widać, cała zabawa jest już bardzo interesująca, a docelowo dopracowana Rosetta będzie mogła posłużyć do projektowania wielu leków: zarówno przeciwko wirusom, bakteriom, jak i np. komórkom rakowym.

Minusem jest to, że poszukiwania przystających powierzchni białko-białko wymaga większych mocy obliczeniowych. Dotyczy to m.in. problemu hemaglutyniny - stąd prośba naukowców o naszą pomoc! :)

Więcej w tym wątku.

Postaram się później wrzucić to jako news.

Zobaczyłem to w swojej stopce i musiałem się pochwalić.   :P

Na honorowym, pierwszym miejscu - 66 666 punktów w QMC!  ;D

W sam raz na Święta...  ;)

Wreszcie coś ruszyło jeśli chodzi o wyniki i wieści naukowe w POEM@Home i dosłownie przed jakąś godzinką została zaktualizowana strona z wynikami naukowymi! :)

Prawdę rzekłszy, już miałem zakładać wątek na forum z prośbą o niusy, a tu jest!

Badanie, którego wyniki ogłoszono dziś na stronie, dotyczyło chemokin na przykładzie interleukiny 8 i zagadnienia wiązania się jej z peptydem odpowiadającego jej białka receptorowego.

Dokładniejszą notkę postaram się zamieścić jak najprędzej na portalu. :)

Dziś zajrzałem na dawno nieodwiedzaną zakładkę na stronie głównej POEM: Projects.

Tam znalazłem garść ciekawych (choć IMVHO wciąż nie dość klarownych) informacji na temat liczonych białek, wraz z rezultatami dla wybranych serii zadań (liczydłowi POEM powinni zauważyć, że nazwy jednostek zawierają trzycyfrowy numer - jak łatwo się domyślić oznaczający serię zadań). Przedstawione są wyniki poszukiwań dla wybranych peptydów; całość zadań dotyczy białek ważnych dla funkcjonowania wielu bakterii.

Co cieszy, wśród przedstawionych znalazców najlepszych uzyskanych rozwiązań znalazłem trzech członków naszej drużyny!

1) Kryniek - projekt 387, struktura 565
2) Aure - projekt 387, struktura 1387
3) Tomasz R. Gwiazda - projekt 414, struktura 52.

Dla szczęśliwych znalazców - gratulacje!  :D

P.S. Ze znanych mi nicków nienależących do naszego zespołu, kilka razy przewinął (przewinęła?) mi się slv - członek teamu Poland. Również należy się uznanie.  8)

Było już o tysiącu, było o pierwszej setce, teraz (wzorem słynnych rankingów, od TOP 500 serwerów po Fortune 500 ;P) będzie o miejscu w pierwszej pięćsetce w naszej drużynie.  :)

Mi sie udało wedrzeć już tydzień temu, ale nie było czasu się pochwalić. :shame: Przy okazji, osiągamy ładny postęp: tydzień temu do top 500 wystarczało 203k punktów, dziś trzeba 208k. Sam powoli pnę się w górę i chwilowo z 214k mam 489. miejsce.

Dla porównania - miejsce w pierwszym tysiączku wymaga minimum 71 250 pktów (a jeszcze w końcu lipca wystarczało ok. 60 tys.), za to TOP 400 to 289k.

Tutaj dwie uwagi: cały czas nawet w piątej setce jest powiedzmy 14 liczydłowych, którzy już nie zdobywają nowych punktów albo wcale, albo prawie wcale. Smutne to, bo by się dostać na ten poziom trzeba było (zwłaszcza kiedyś) bardzo wiele pracy. Te osoby ewidentnie złapały BOINCowego bakcyla ale już nie liczą. Widać też większą grupę osób liczących sobie powolutku - cośtam jeszcze w tle chodzi. Z drugiej jednak strony przelatują przez tę strefę rakiety - gracze z GPU (tacy goszczą tu bardzo krótko). Reszta to "hard workerzy".

Co będzie dalej? Wiele zależy od tempa pozyskiwania nowych członków drużyny i stopnia retencji (jak długo będzie nam się udawało utrzymać aktywnych liczydłowych). Do TOP 500 spokojnie można dobić na procesorach, wymagać to jednak raczej więcej niż jednej (i to porządnej) maszyny.

Ja sam, jeśli nie załatwię lepszego sprzętu, za kilka miesięcy będę walczył raczej o utrzymanie w TOP 500 niż dalsze awanse (utrzymanie RAC>1000 będzie dla mnie raczej niemożliwe). Jak więc widać jesteśmy już dużym zespołem, w którym znaczący wkład obliczeniowy wniosła rzesza osób.

Obserwując osiagnięcia OxyOne mozna dojść do wniosku, że nawet setka średniaków z RAC = 1000 nie stanowi wielkiej siły ognia. Warto jednak pamiętać, że często są to procesorowcy, równoważący nam statystyki (bardzo często liczą SETI, rzadziej projekty "twardsze" jak Rosetta Czy Einstein, a bardzo rzadko hit ostatnich tygodni/miesięcy - Milkę). Ponadto każdy z nich nosi w plecaku buławę Radeona i przy odpowiednich zachętach mogą się z nich narodzić nowi graficzni potentaci. Dbajmy więc nie tylko o największych, nie tylko o nowicjuszy i niepoinformowanych, ale i o szarą drużynową piechotę. ;)

Miejmy nadzieję, że liczba osób ze sporym wkładem będzie jeszcze prędko rosnąć (na razie wg boincstats mamy wszystkiego 4595 użytkowników - to sporo, choć nius u nas mówił o ponad 5k... ), a dynamiczne przesunięcia będą nie tylko udziałem TOP 25. ;)

----

Tyle poprzynudzałem, a teraz do roboty.  :D

Jako świeżo upieczony sierżant erepa gotuję się do walki w ramach naszej grupy bojowej. :)

W razie potrzeby walcząc dwoma klamkami dziennie mogę spokojnie dzień w dzień bić ponad setkę, co już jest wynikiem przyzwoitym. Czas się chyba jeszcze raz oficjalnie przypomnieć na wypadek walk refundowanych - przy naszym rozwoju już jest po co się zgłaszać.

Kadro oficerska: Machloj, Solo1979, AiDec - na stanowiska!

Z żołnierskim pozdrowieniem,  :arrr:
a.m.

W odpowiedzi na forum POEM (uwaga, niemiecki!  %)) Timo Strunk z zespołu wyjawił, że od pewnego czasu toczą się prace nad nową wersją aplikacji dla POEM. Jednym z postawionych celów jest łatwość w przenoszeniu liczenia na nowe architektury, w szczególności na GPU.

Teraz trzeba uzbroić się cierpliwość i ew. dopingować zespół badawczy, by społeczność mogła dostać w swoje ręce kolejny projekt liczący na koprocesorach graficznych. Większa konkurencja na tym polu zawsze się przyda, nieprawdaż?  :attack:

Hej,

dziś się przekonałem, że także WCG jest podatne na błąd "client detached".  :wth: Dla przypomnienia, błąd występuje przy ściąganiu i raportowaniu jednostek z więcej niż 1 klienta na tej samej maszynie - np. przy przeliczaniu jednostek na przynajmniej beznetowcu.

W takich wypadkach oprogramowanie serwera potrafi zgłupieć i uznać dwa klienty za jeden. Wtedy, nie widząc części jednostek (które akurat są przeliczane na beznetowcu) uznaje to za "client detached" i je wywala.  :deadman:

W ten sposób straciłem masę WU liczonych na mocnym dual core (akurat udało mi się dorwać u kolegi).

Napisałem już w tej sprawie na forum WCG ale wątpię, by coś z tym zrobili.

Hej, projekt ogłosił w nocy, że z powodu jakichś problemów z kodem skutkujących znacznym spowolnieniem obliczeń wracają do sprawdzonej wersji 1.82, która jest rozsyłana jako 1.88. Na boku oczywiście bedą trwały prace nad nową, poprawioną wersją. Rano RALPH rozsyłał już wersję 1.90.

Tymczasem Rozetka zaczęła z kolei sypać błędami, na szczęście stosunkowo mało poważnymi - błędy w próbkach pojawiają się po 0 s obliczeń, więc jeśli maszyna np. liczy też inny projekt i ma dostęp do próbek to nie ma większego problemu.