DrugDiscovery@Home

[krzyszp]

Kod [Zaznacz] Rozwiń


Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU 0.13 (cuda23) 8 Nov 2010 0:26:50 UTC

Naprawdę?
Tak na prawdę, to wczoraj weszli na CUDA2.3...

[Troll81]

Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU    0.31 (cuda)    22 Mar 2010 12:35:06 UTC
Linux running on an Intel x86-compatible CPU    1.24 (cuda)    22 Mar 2010 12:35:06 UTC

[Tomasz R. Gwiazda]

to ze dali app to jedno
a czy wu sa do tego to drugie :)

[Troll81]

Ap jest dopiero od dziś :D daj im trochę czasu :D

[Tomasz R. Gwiazda]

spoko
ale kojarze jakies projekty co tez tak mialy a probki na GPU nigdy sie nie doczekalem :

[Troll81]

no ja się doczekałem i w picevolver i w paru innych :D po prostu mały sens liczenia tam.... cieszę się że nareszcie jakiś białkowiec BOINC jest na ATI :D

[Cyfron]

dajcie znać, jak tylko się pojawią jakieś WU, to przełączę co mogę tam - będę teraz wszędzi liczył "ideowo"  :parrrty:

[apohawk]

Super, tylko coś próbek nie ma. Dołączyłem do projektu, to mi pobrało jedną próbkę CPU, ale co to wyprawia, to masakra. python, cygwin, wszystko się w próbce unzipuje przez wrapper, a potem wrapper odpala coś, śpi ileś tam i potem dopiero włącza kolejne coś...

Szkoda, że projekt nie ma jakiegoś uniwersyteckiego zaplecza, tak przynajmniej piszą, że nie mają.

[Troll81]

ja tam czekam, zaznaczyłem by nie pobierało próbek CPU :D

[goofyx]

Ale zaszaleli <- już nie co ssać :(
Wracam do CC

[apohawk]

Niby rzucili 9,228 próbek, ale na GPU dalej nie mogę nic dostać.  ::)

[mimeq]

U mnie to samo:

2010-11-12 22:34:10 | DrugDiscovery | Requesting new tasks for NVIDIA GPU
2010-11-12 22:34:12 | DrugDiscovery | Scheduler request completed: got 0 new tasks
2010-11-12 22:34:12 | DrugDiscovery | Message from DrugDiscovery: No work sent


Narazie 100% load na Folding@home  ;D

[goofyx]

Niby rzucili 9,228 próbek, ale na GPU dalej nie mogę nic dostać.  ::)

Tia rzucili, ale w 10 minut tego nie było :D

[mimeq]

Nie wiem jaki maja refresh, ale server status caly czas podaje (12 Nov 2010 22:24:03 UTC ):

Results ready to send   9,184

Moze to only CPU ?

[apohawk]

Na to wygląda :( Refresh mają dobry, 9380 próbek do pobrania.

[Ufol]

Czy zadziałała aplikacja licząca na gpu? Postanowiłem odkopać ten wątek, ponieważ projekt wydaje się być niezwykle interesującym i pożytecznym.

[Troll81]

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://boinc.drugdiscoveryathome.com/apps.php

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=236 jak na razie wciaż zonki mają chyba

[Ufol]

Czyli w najbliższej przyszłości nie ma szans na białkowiec dla Ati?

[Troll81]

przynajmniej mnie takie słuchy nie doszły. MOżna F@H mielić na ATI ale słabo to wygląda....

[Aegis Maelstrom]

Zajrzałem na stronę projektu by upewnić się, czy nie wnioskować o przeniesienie tego wątku do projektów nieaktywnych.

Stan jest taki, że administator sporadycznie daje jeszcze oznaki życia, ale obecnie nie generują nowych jednostek i do liczenia projekt jest nieaktywny.

[AL]

Póki co jeszcze coś tam dają - więc poczekamy.

[Slavkoyama]

A jednak chyba trochę to działa:

Ja czasami coś dostaję - ostatnio chyba 2 dni temu jedną małą próbkę za kilka pkt

[krzyszp]

Ufff, znalazłem ten wątek...

Dobra Panowie, odkopuję bo projekt będzie reaktywowany, a za serwer będę odpowiedzialny ja i Goofyx :)

Obecnie serwer w sumie już stoi (ale nie jest udostępniony publiczności), zaś my kończymy pracę nad przystosowaniem aplikacji Autodock pod BOINC. Na tę chwilę spodziewamy się aplikacji dla CPU i CUDA. W odróżnieniu od apki w dawnym projekcie, ta będzie działać natywnie z BOINC.
W dalszym czasie dojdzie aplikacja GROMACS, jeżeli nie polegnę przy dostosowaniu jej do potrzeb BOINC.

[kva.pl]

A nie odkrywasz czasem kola na nowo? Wydaje mi sie ze sa projekty ktore uzywaly autodocka w BOINCu (find@home mi sie kojarzy), moze udostepnia kod?

[krzyszp]

A nie odkrywasz czasem kola na nowo? Wydaje mi sie ze sa projekty ktore uzywaly autodocka w BOINCu (find@home mi sie kojarzy), moze udostepnia kod?

WCG używa we wszystkich aplikacjach, niestety zamknęli swój kod...
Jest skrypt przygotowujący wrappera, ale ja wolę to bardziej "elegancko" rozwiązać.

[kva.pl]

A find@home?

[krzyszp]

A find@home?

Nie wiem, nie pamiętam :)

[kva.pl]

http://findah.ucd.ie/apps.php "Autodock Vina" ;)
Projekt jest zakonczony ale forum aktywne, administrator tez.

[Ufol]

Czy są szanse na aplikację dla Ati? Zapytuję, bo pracujesz Krzychu nad cudowną, więc może, w dalszej perspektywie, powstanie liczydło dla konkurencyjnej marki.

[krzyszp]

Czy są szanse na aplikację dla Ati? Zapytuję, bo pracujesz Krzychu nad cudowną, więc może, w dalszej perspektywie, powstanie liczydło dla konkurencyjnej marki.

Na tę chwilę nie ma żadnych szans...

[krzyszp]

Ok, mam Panowie (i Panie) małą prośbę.
Mam skompilowane aplikacje dla Windows w wersjach OpenCL oraz CUDA, jednak potrzebuję sprawdzić, czy czasami nie linkują do jakiś bibliotek, które są u mnie na dysku, dlatego mam prośbę, abyście spróbowali odpalić je u siebie na grafach.
Linki do aplikacji:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

https://www.dropbox.com/s/41xnme2lhmifarq/gmx-windows-cuda.zip

Kod [Zaznacz] Rozwiń

https://www.dropbox.com/s/nfur515k4ofmxm6/gmx-windows-opencl.zip

Aplikacje w załączniku do posta) trzeba rozpakować i kolejno w linii komend wydać polecenia:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
gmx mdrun -deffnm md_0_1


Jeżeli druga aplikacja będzie działać, to po kilku minutach można ją spokojnie przerwać, szkoda prądu (bo dobre 20 godzin by chodziło).

[goofyx]

Niestety nie dołącza kerneli :(
Ale spoko damy rade .

Jeżeli druga aplikacja będzie działać, to po kilku minutach można ją spokojnie przerwać, szkoda prądu (bo dobre 20 godzin by chodziło).

Prądu szkoda i nie...
Jest zima, a to oznacza że i tak ja osobiście muszę się dogrzewać, więc...
mając wybór między grzejnikiem a GPU <- wybieram GPU :)

[krzyszp]

Podmieniłem archiwum dla OpenCL...

[lakewik]

Będzie apka CUDA lub OpenCl na Linuxa?

[krzyszp]

Będzie apka CUDA lub OpenCl na Linuxa?

W zasadzie już ją mam, ale nadal walczę z linkowaniem statycznym... Niestety, ta apka "na bogato" używa cmake co mocno sprawę utrudnia...

[mimeq]

Mam tak, chyba dziala ? ale GPU Usage chyba widzialem max 10%  .....

[smg id=10613 type=preview align=center caption="DD@@Home"]

EDIT:
Po jakichs 10 min srednio 80% (mocno skacze)

[krzyszp]

Czyli CUDA już działa :)
Z OpenCL nadal walczę...

[mimeq]

Tylko mocno pazerne na CPU  :o

[smg id=10614 type=full align=center caption="DD@H1"]

Krzysiek zostawic do konca ?

[krzyszp]

Nie zostawiaj, chodziło mi tylko o to, czy działa na karcie i nie woła jakiś bibliotek.

Ps. Obciążenie CPU można zmienić parametrem -nt X, gdzie "X" to ilość wątków CPU (1, 2, lub np. 6).

[krzyszp]

Będzie apka CUDA lub OpenCl na Linuxa?

Kod [Zaznacz] Rozwiń

https://www.dropbox.com/s/v13w0x3z503d6j1/gmx-linux-cuda.zip
U mnie działa po dodaniu zmiennych środowiskowych do CUDA (nie wiem dlaczego się to automatycznie nie ustawiło):

Kod [Zaznacz] Rozwiń

export PATH=/usr/local/cuda-8.0/bin${PATH:+:${PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-8.0/lib64\${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-8.0/lib\${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}