DrugDiscovery@Home

[IThorne]

Nie uczestniczyłem w DD, ale jestem politykiem. I patrząc co się dzieje w Rosji to doradzam 10 razy przemyśleć sprawę nim wejdzie się w głębsze kontakty z nimi.

Niestety oni mają fazę supernacjonalizmu (jak Niemcy od 1936-45) i wystarczy by ktoś z nich pomyślał że "polscy najemnicy zabijają dzieci w Donbasie"  i im odbija.

Wielka szkoda, że pomysł sprzedaży mocy BOINC nie wypalił. Ludzie są chciwi i liczyliby nawet gdyby im się koszty nie zwracały.

[Ósemka]

Wielka szkoda, że pomysł sprzedaży mocy BOINC nie wypalił. Ludzie są chciwi i liczyliby nawet gdyby im się koszty nie zwracały.

Może to i lepiej, że nie wypaliło. Nie chciałbym, żeby forum zostało zalane ludźmi o takiej mentalności.

[Argento]

Wielka szkoda, że pomysł sprzedaży mocy BOINC nie wypalił. Ludzie są chciwi i liczyliby nawet gdyby im się koszty nie zwracały.

Może to i lepiej, że nie wypaliło. Nie chciałbym, żeby forum zostało zalane ludźmi o takiej mentalności.

ósemka, nie zgodzę się z Tobą. Nie sądzę, aby "fala i jej mentalność", o której napisałeś w jakikolwiek sposób wpłynęła na forum. A tym samym status quo celu projektu nie zostało by zachwiane.

[Ósemka]

Nie sądzę, aby "fala i jej mentalność", o której napisałeś w jakikolwiek sposób wpłynęła na forum.

A ja się obawiam, że większość rozmów wyglądałaby podobnie do tej:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.boincatpoland.org/smf/gielda/kupie-cos-do-liczenia-bitcoin-maks-do-600zl/msg247212/#msg247212
Być może moje obawy są niesłuszne, bo nie można wszystkich do jednego wora ładować, ale intuicja podpowiada mi, że nie byłoby za dobrze.

[IThorne]

Zawsze pojawią się chciwi ludzie co za grosz sprzedadzą własną matkę.

Na szczęście najważniejsze projekty działają jako nonprofit, więc każdy znajdzie coś dla siebie.

[pawg]

A ja się obawiam, że większość rozmów wyglądałaby podobnie do tej:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.boincatpoland.org/smf/gielda/kupie-cos-do-liczenia-bitcoin-maks-do-600zl/msg247212/#msg247212
Być może moje obawy są niesłuszne, bo nie można wszystkich do jednego wora ładować, ale intuicja podpowiada mi, że nie byłoby za dobrze.

Tym linkiem przypomniałeś mi ile nerwów mnie to kosztowało i jaki miałem kiedyś zapał by pomagać innym... Jednego razu siedziałem i kombinowałem przez prawie godzinę byle tylko mu pomóc  :wacko:

[sirzooro]

Widzę że projekt wrócił. Mam nadzieję że tym razem obędzie się bez takich problemów jak ostatnio :ahoy:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

https://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=2093

[Troll81]

 :respect: dla Krzycha za zaangażowanie  :respect: :respect: :respect:

[Ufol]

Dlaczego projekt trzeba dopinać ręcznie? Niestety wciąż nie widać go na liście w boincowym menedżerze.

[Argento]

Dlaczego projekt trzeba dopinać ręcznie? Niestety wciąż nie widać go na liście w boincowym menedżerze.

Może trzeba zapytać twórców BM.

[Argento]

Sympatycznie sypie WU  :respect:.

[IThorne]

W najbliższym czasie planujecie aplikacje pod Androida? Moje sprzęty mogłyby potestować...

[krzyszp]

Niestety nie ma takich planów na razie.

[kva.pl]

Wszystko w ramach zespolu dogadane? Juz lubimy ten projekt znowu? ;)

[krzyszp]

Wszystko w ramach zespolu dogadane? Juz lubimy ten projekt znowu? ;)

Z pewną ostrożnością, ale działamy...
Większy nacisk teraz jest na wiedzę, mniejszy na komercję...

[Argento]

Wszystko w ramach zespolu dogadane? Juz lubimy ten projekt znowu? ;)

Z pewną ostrożnością, ale działamy...
Większy nacisk teraz jest na wiedzę, mniejszy na komercję...

I tak powinno być od początku.  :respect: krzyszp

[tito]

Nowa apka dla CUDA + CPU z AVX2 ?
Dlaczego? I czy tak ma być w przyszłości?
Bo o ile NVidię odpowiednią posiadam o tyle CPU już nie...

[krzyszp]

AVX256 (czyli AVX1).
Ustawienie kompilacji dla tylko SSE4.1 powoduje, że np. moja karta jest karmiona jednym wątkiem tylko na 30%, przy AVX jest to już 40-50%...

Generalnie, jaki Ty masz CPU?

[tito]

XEON 1235V2

Jeśli AVX256 to AVX1
to AVX2 to??
A AVX512 to będzie co?

[krzyszp]

Generalnie, to ja mogę dla każdej prawie opcji ustawić kompilację (poza AVX512, bo mój CPU go nie ma), ale to po ustabilizowaniu wrappera, bo sporo plan_class'ów będę musiał napisać...

Edit:
Kolejne rozszerzenia list rozkazów CPU dla których można skompilować Gromacsa to:
SSE2
SSE4.1
AVX_FME128 (Ryzen?)
AVX_256
AVX2_256
AVX512
AVX512_KLN

[tito]

OK.
Ale jeśli jest słabe obciążenie, dla 1 WU to prostym rozwiązaniem wydaje się możliwość puszczenia 2, lub 3 WU jednocześnie.

[krzyszp]

Tak, spokojnie można puścić 2WU na jednej karcie.
Niestety, Gromacs tak ma i nie mam na to wpływu :(

[sirzooro]

Czy można podmienić gmx który jest wysyłany przez serwer na ten z pakietu gromacs zainstalowanego lokalnie? U mnie na Centos 7 się wywala bo libstdc++ jest w starszej wersji i nie eksportuje niektórych funkcji wymaganych przez "oficjalną" wersję gmx. Na forum projektu wrzuciłem linka do WU który mi się wywalił przez to.

[krzyszp]

Jak najbardziej można, o ile to będzie Gromacs w wersji 5.1.4 lub wyższej.

[tito]

As apps are now under tests, only users with test applications enabled will get tasks.
Nie widzę takiej opcji?

[krzyszp]

Bo faula strzeliłem i nie zaznaczyłem apce, że jest testowa :(
Jak masz zaznaczoną aplikację Gromacs i Use NVIDIA GPU to powinna pójść (o ile Twoje ograniczenia czasowe na to pozwolą).

[tito]

Dobra - mam 1 WU.
Wykarmienie 1080Ti za pomocą mojego biednego XEONa jest niemożliwe.
Przy 7miu wątkach obciążenie oscyluje 29-39% zaś GPU boostuje bardzo biednie do ~ 1650MHz, w innych projektach 1900MHz

[tito]

Przy 2 WU i 7 wątkach 39-60% oraz znacznie większe skoki.
8 wątkow 49-61%   Boost 1900MHz

3WU + 8wątków -> 60-70%

[mimeq]

Wygladalo ze bedzie szybko na 1060,  wychodzilem z domu bylo 4x% po 4x min aktualnie 99,675% 3h44min  ;)

AVG Load wedlug GPU-Z sensor 46%

[tito]

Na jakiej magicznej zasadzie są naliczane pkt?
Widziałem 1060, która przeliczyła WU w 18000 sekund i dostała 180000pkt, oraz 1080ti która przy tym samym czasie dostała ~ 480000pkt.
W dodatku ta sama 1080ti dostała za podobną próbkę 48000pkt

[sirzooro]

Jak najbardziej można, o ile to będzie Gromacs w wersji 5.1.4 lub wyższej.

Mam zainstalowaną wersję 2016.4-1.el7. To jest nowsza czy starsza? Tutaj jest link do strony z opisem tej paczki:
https://centos.pkgs.org/7/epel-x86_64/gromacs-2016.4-1.el7.x86_64.rpm.html

[krzyszp]

To jest najnowsza wersja, powinno działać.

Naprawiłem też błąd, który przy więcej niż jedna karcie odpalał zadania tylko na pierwszej, w najnowszych wersjach apki powinna każda karta dostać swoje zadanie (potwierdzenie potrzebne).
Generalnie, czasy wykonywania aplikacji to średnio 7h, zależnie od CPU i GPU.

Jutro będę już się starać wypuścić zadania "produkcyjne", bo obecnie każdy ma te samo WU.

Punktacja wariuje, bo jest obliczana przez serwer, który musi się "nauczyć" od hostów czasów (musi średnie sobie powyliczać). Problemem jest to, że Gromacs mocno wykorzystuje losowość i te same WU odpalone dwa razy na tym samym hoście może mieć nawet 50% rozstrzał czasu wykonywania.

[sirzooro]

To jest najnowsza wersja, powinno działać.

Chyba jednak sobie nie policzę:

Fatal error:
GPU ID string set, but gmx mdrun was compiled without GPU support!

Pewnie muszę to sobie sam skompilować, przy okazji włączę obsługę AVX bo standardowo jest tylko SSE2.

Punktacja wariuje, bo jest obliczana przez serwer, który musi się "nauczyć" od hostów czasów (musi średnie sobie powyliczać). Problemem jest to, że Gromacs mocno wykorzystuje losowość i te same WU odpalone dwa razy na tym samym hoście może mieć nawet 50% rozstrzał czasu wykonywania.

Fakt, za pierwszą parę zadań dostawałem po ~500k, za kolejną było ~350k, a ostatnie dwa poszły za ~35k. Ciekawe na jakiej wartości to się w końcu ustabilizuje.

[tito]

U mnie po ~ 19k sekund dało 52k. A liczyłem na 500k  :P
A jak próbujesz się wstrzelić z punktacją?

[krzyszp]

Na razie w ogóle nie wstrzeliwuję się, cała para idzie w ustabilizowanie apki.

@sirzooro, nie musisz ustawiać optymalizacji jak będziesz kompilował, cmake sam znajdzie najmocniejszą dla CPU, natomiast GPU musisz podać podczas kompilacji.

Kod [Zaznacz] Rozwiń

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=on -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF

[sirzooro]

Na razie w ogóle nie wstrzeliwuję się, cała para idzie w ustabilizowanie apki.

@sirzooro, nie musisz ustawiać optymalizacji jak będziesz kompilował, cmake sam znajdzie najmocniejszą dla CPU, natomiast GPU musisz podać podczas kompilacji.

Kod [Zaznacz] Rozwiń

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=on -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF

Zostawiłem na razie tego CentOSa, zajmę się nim po zakończeniu wyścigu w PG. Na razie skompilowałem gromacsa dla ARM Mali T-628 i podpiąłem pod BOINCa :). Jak używałem domyślny plan class cuda23 to BOINC pobierał zadania ale od razu je przerywał twierdząc że nie ma odpowiedniego GPU. Po usunięciu plan_class zadania się uruchamiają, ale gmx nie potrafi otworzyć pliku wejściowego (No such file or directory) - wygląda na to że standardowy wrapper Boincowy nie wystarcza. A może jednak da się jakoś skonfigurować plik job.xml żeby go do tego zmusić?
https://boinc.drugdiscoveryathome.com/result.php?resultid=12245791

[krzyszp]

Niestety, w job.xml podaję parametr -gpu_id a wrapper wstawia nr karty do użycia... Ty nie masz tam karty (albo raczej nie masz OpenCL skompilowanego tam) i dlatego ten numer nie przejdzie...

Z ciekawostek, to miałem gdzieś Gromacsa skompilowanego dla Mali z OpenCL (Odroid C2 lub XU4, teraz nie pamiętam który), musiałbym pogrzebać, tylko... Czas na jedno WU to pewnie w tygodniach by szedł ;)

[sirzooro]

Niestety, w job.xml podaję parametr -gpu_id a wrapper wstawia nr karty do użycia... Ty nie masz tam karty (albo raczej nie masz OpenCL skompilowanego tam) i dlatego ten numer nie przejdzie...

Z ciekawostek, to miałem gdzieś Gromacsa skompilowanego dla Mali z OpenCL (Odroid C2 lub XU4, teraz nie pamiętam który), musiałbym pogrzebać, tylko... Czas na jedno WU to pewnie w tygodniach by szedł ;)

To jest Odroid XU4, on ma nawet dwa GPU z OpenCL 1.2 :) Choć gromacs w trakcie kompilacji wykrył tylko OpenCL 1.1, ale z tym też poszedł - wszystko się skompilowało, testy uruchomione za pomocą "make check" też przeszły.
Tutaj jest link to tej maszynki: https://boinc.drugdiscoveryathome.com/show_host_detail.php?hostid=9919

[krzyszp]

Mam XU4, wiem co to za maszynka :)

[tito]

Punktacja - im większy PRZEWIDYWANY czas przeliczania, tym więcej pkt się pojawia na koncie.
Jeśli w moim wypadku, przewidywany czas był ~ godzina to pkt dawało ~ 50k, Przy przewidywanym czasie przeliczania ~ 6h punkty to 500k.