Algorytmy

[mariotti]

Jakich algorytmów oni używają w tym projekcie?
Czy to są bardzo skomplikowane obliczenia?
Pozdrawiam

[Troll81]

http://www.boincatpoland.org/wiki/Docking%40home

Kombinacji poszczególnych molekuł i ich orientacji wiążących jest nieskończenie wiele. Symulowanie tak wielu kombinacji jak to tylko możliwe wymaga olbrzymiej mocy obliczeniowej. By obniżyć koszty, naukowcy zdecydowali że efektywnym sposobem tworzenia tak dużej mocy obliczeniowej jest dystrybucja poszczególnych zadań pomiędzy dużą liczbę komputerów. Jest częścia projektu Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System i jest wspierany przez National Science Foundation.

http://www.boincatpoland.org/wiki/Wi%C4%99cej_o_projekcie_Docking@home

[mariotti]

To przeczytałem na wiki. Jestem ciekawy jakimi algorytmami to się liczy. Zastanawia
mnie czasami też, czy metody tzw sztucznej inteligencji jakie stosowałem np. do
szachów, zadziałałby na takim polu :)

Pozdrawiam

[stiven]

Przez krótką chwilę się tym w życiu zajmowałem więc poczułem się wywołany do odpowiedzi.

Zasadniczo mechanika molekularna. Atomy traktowane są jak kulki a wiązania jak sprężyny. Najczęściej tego typu obliczenia sprowadzają się do szukania minimum energetycznego co może powiedzieć wiele na temat tego czy dana cząsteczka ma szansę się związać z inną. Już sama metoda dochodzenia do minimum (i implemantacja tej metody) jest ciekawa. Np czy wyginać cząsteczkę szukając gradientu idącego w odpowiednim kierunku i opytmalizować czy może lepiej losować monte carlo konfigurację i liczyć energię.

Algorytm sprowadza się do przemieszczania atomów i liczenia sił. Aby było łatwiej to już sobie ludzie powymyślali pola siłowe aby pewne sprawy uprościć albo sparametryzować.

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://en.wikipedia.org/wiki/Force_field_(chemistry) Program można pisać samemu albo wykorzystać gotowe darmowe lub komercyjne rozwiązania. W Dockingu jest to CHARMM. 

Akurat w jego przypadku sytuacja jest wyśmienita bo mają forum gdzie dosłownie wszystko jest opisane.

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.charmm.org/ubbthreads/ Ostrzegam, że poziom dyskusji może przekroczyć percepcję zwykłego śmiertelnika. Jak będzie za ciężko to możesz zacząć od anglikańskiej wiki:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://en.wikipedia.org/wiki/CHARMM

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics

Na chwilę obecną nie jestem w stanie powiedzieć czy w Dockingu dokładają do tej mechaniki molekularnej trochę mechaniki kwantowej (Hybrid QM/MM) lub czy liczą też dynamikę molekularną.

Jeśli temat bardzo Cię interesuje to na upartego nawet i po polsku coś się znajdzie:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.molnet.eu/ Z tego co pamiętam wymagana jest rejestracja.

[mariotti]

Przez krótką chwilę się tym w życiu zajmowałem więc poczułem się wywołany do odpowiedzi.

Zasadniczo mechanika molekularna. Atomy traktowane są jak kulki a wiązania jak sprężyny. Najczęściej tego typu obliczenia sprowadzają się do szukania minimum energetycznego co może powiedzieć wiele na temat tego czy dana cząsteczka ma szansę się związać z inną. Już sama metoda dochodzenia do minimum (i implemantacja tej metody) jest ciekawa. Np czy wyginać cząsteczkę szukając gradientu idącego w odpowiednim kierunku i opytmalizować czy może lepiej losować monte carlo konfigurację i liczyć energię.

Algorytm sprowadza się do przemieszczania atomów i liczenia sił. Aby było łatwiej to już sobie ludzie powymyślali pola siłowe aby pewne sprawy uprościć albo sparametryzować.

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://en.wikipedia.org/wiki/Force_field_(chemistry) Program można pisać samemu albo wykorzystać gotowe darmowe lub komercyjne rozwiązania. W Dockingu jest to CHARMM. 

Akurat w jego przypadku sytuacja jest wyśmienita bo mają forum gdzie dosłownie wszystko jest opisane.

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.charmm.org/ubbthreads/ Ostrzegam, że poziom dyskusji może przekroczyć percepcję zwykłego śmiertelnika. Jak będzie za ciężko to możesz zacząć od anglikańskiej wiki:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://en.wikipedia.org/wiki/CHARMM

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics

Na chwilę obecną nie jestem w stanie powiedzieć czy w Dockingu dokładają do tej mechaniki molekularnej trochę mechaniki kwantowej (Hybrid QM/MM) lub czy liczą też dynamikę molekularną.

Jeśli temat bardzo Cię interesuje to na upartego nawet i po polsku coś się znajdzie:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.molnet.eu/ Z tego co pamiętam wymagana jest rejestracja.

Dziękuję za wyczerpującą odpowiedź :)

Czy temat mnie interesuje? Dziedzina którą interesowałem się
przez ostatnie lata nie przekłada się w sposób bezpośredni na
nic pożytecznego, więc czasami myślę aby zainteresować się
czymś nowym, może właśnie mechaniką molekularną.

Dzięki jeszcze raz i pozdrawiam.

[Aegis Maelstrom]

Cześć po dłuugiej przerwie. Podbijam temat pod wrażeniem odpowiedzi Stivena. Nie chciałby kolega popisać więcej? Ja bym chętnie poczytał: tu lub na pl.wikipedii.

Może zresztą nie tylko ja. :)