Hydrogen@Home

[Bober]

http://hydrogenathome.org/

[kempler]

Ciekawi się zapowiada. Oby ruszyło jak najszybciej

[miszol]

Hydrogen@Home is not affiliated with any research Institute or University.

czyli chodzi o to że liczymy dla prywatnej firmy?

[AL]

Drużynka. Za projekt jest odpowiedzialny Jack Shultz - i póki co narzeka na brak doświadczenia - więc trudno powiedzieć.

[kempler]

Moje tłumaczonko

Hydrogen@home bada czyste technologie produkcji wodoru do celów energetycznych.
Wodór używany w ogniwach paliwowych nie powoduje emisji gazów cieplarnianych. Jednak najbardziej ekonomiczna metoda jego produkcji (Methane Reformation) powoduje produkcję gazów cieplarnianych.

Idealnie, wodór pochodzący z wody może nie powodować produkcji gazów cieplarnianych. Jedną z metod jest zwiększenie wydajności metod wykorzystujących reakcje fotobiologiczne. Reakcje te wykorzystują zdolność wytwarzania wodoru przez niektóre szczepy bakterii oraz niektóre gatunki alg w procesie fotosyntezy.

Hydrogen@home próbuje przewidzieć poprzednio nie scharakteryzowane związki biokatalizatorów. Jest to próba znalezienia najbardziej wydajnej metody produkcji wodoru.

By to osiągnąć, Hydrogen@home symuluje wzajemne oddziaływanie białek oraz podłoża. Struktury są uzyskiwane z Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)

[bartsob5]

jak zapewne wiecie, hydrogen mial dotychczas skopana aplikacje liczaca na windowsie, co powodowalo natychmiastowe przerwanie probki (z czasem 0:00:00) developerzy popracowali nad nia ostatnio i chyba znow cos im nie wyszlo.

probka sama odpalila wygaszacz (ktory mam wylaczony), czas cpu mial wartosc ---, postep tak samo, probka przetwarzana, reszta stoi, zuzycie procka 0%... wygaszacz? screena nie mam, ale to taka rozowa bryla ktora odbija sie od scian...

no nic, zalecana jest cierpliwosc i scisla kontrola czy przypadkiem cos jest nie tak...

[AL]

Chłopaki - brać się do roboty. Aplikacja pod winde śmiga jak ta lala. Złapałem kilka WU - które się przeliczyły i zapunktowały. Uwaga - są bardzo króciutkie - góra 3min.

[bartsob5]

lol, gdyby nie ty, to bym nawet nie zauwazyl ze moj potwor 9 juz zezarl i nastepne czekaja w kolejce... poszla wlasnie 42 godzinna z qmc - boj sie mchl!

[kret]

miał bym prośbę..do kogoś kto liczy Hydrogena o założenie na ichnim forum tematu w moim imieniu..już piszę o co chodzi..szukałem sposobu na dopisanie się do projektu, jakiś invitation code czy coś, no ale takie nie było jak..więc zwróciłem się do AL'a z zapytaniem w tej sprawie, jako foundera drużynki..okazało się, ze ma zapasowe konto! :) oczywiście skorzystałem i uśmiechnąłem się o nie :) no i wszystko super..zmieniłem hasło, email, nazwę, ustawiłem swoje preferencje i spoko..ściągałem próbki, liczyłem..ale trwało to może z tydzień? konto sie zresetowało, zarówno punktowo jak i pod względem ustawień..więc ogólnie 0 creditsów, mail, nazwa i hasło takie jak przed zmianą czyli takie jak dostałem od AL'a :((( pytałem go już o to i mówił, ze zdarzyło mu się to w sumie 3 razy..no a mi? zdarza się ciągle..za każdym razem jak zmienię dane to wracają do poprzednich :/ nie wiem co z tym zrobić..stworzyłem już taki temat na forum Hydrogena, ale ponieważ konto się znów zresetowało..zniknął też temat :/ prosił bym o pomoc, ponieważ w sumie nie wiem co powoduje te resety i w sumie nie wiem też co z tym zrobić..

[AL]

Z tego co ostatnio Jack Shultz pisał na ichnim forum - to były to jakieś błędy z jego strony które powstały prawdopodnie podczas upgradu Apache webserwera ( zresztą jak się przyznał zupełnie niepotrzebne :-k  ...). Miejmy nadzieję, że to się już nie powtórzy, tym bardziej, że jak wynika zostatniego newsa ze strony Hydrogena,

December 4, 2007
Thanks to some help from TJM from Enigma, I finally got the Apache Webserver upgraded. This may help with some upload issues we are experiencing. Results getting truncated on upload thus limiting our ability to do further analysis much less illustrate the results of the docking simulation. Drawback was data loss from mid-November.

nasz TJM pomagał mu rozwiązywać pewne problemy. Niestety minusem tej sytuacji jak wynika z owego newsa jest utrata danych z końca listopada.

Tak na marginesie od siebie dodam, że Jack Shultz jest chyba kompletnym komputerowym laikiem który wziął się za stworzenie projektu na platformie BOINC - i stąd wynikają te wszystkie problemy. Ilość błędów jaka przytrafiła się temu projektowi bije inne na głowę. Poza tym na BOINCowej liście mailingowej od kilku m-cy Jack Shultz - dominuje - zgadnijcie dlaczego  :wink: .

[kret]

widziałem to info..a wczoraj wogóle po wejściu na stronę ukazywała się piekna struktura wszystkich plików na nim umieszczonych :P cały kod strony, forum i ogólnie wszystko :P

no więc próbuję jeszcze raz ustawiać to konto..to już chyba 5 :D

[bartsob5]

widziałem to info..a wczoraj wogóle po wejściu na stronę ukazywała się piekna struktura wszystkich plików na nim umieszczonych :P cały kod strony, forum i ogólnie wszystko :P

tak, tez to zauwazylem, a sprawdzalem tylko dlatego ze mi wcielo jakies 7 punktow, co przy ogolnej liczbie 130 to sporo...

[kret]

mi wcięło 2.2..przy ogólnej liczbie 2.2 to nawet więcej niż sporo ;)

[TJM]

Nadal potrzebujesz tam konto ? Jeśli da się pozmieniać wszystkie dane w jakimś istniejącym, to mogę ci dać acc który zrobiłem podczas testów stronki.

[Troll81]

Jak założyc w tym czymś konto???

[kret]

no z tym jest problem w sumie..bo zamknięta jest możliwość tworzenia kont już od jakiegoś czasu ;) ostatnio miałem podobny problem ;) chodziłem, szukałem, aż dzięki uprzejmości AL'a dostałem od niego konto, które stowrzone zostało przez Niego 'na zapas', bo wiadomo było, że otworzyli zapisy na krótko ;) trzeba pytać i szukać :)

[AL]

Ja już chwilowo nie mam "zapasowych", ale TJM kilka postów powyżej coś wspomina, że ma jakieś na zbyciu. Proponuje uderzyć do niego na pw.

[kret]

konto od Ciebie AL przestało już wariować i śmiga jak ta lala! ;) faktycznie jest tak jak mówiłeś, że się czasami wywali coś, ale ogólnie to i tak jest dość stabilnie się liczy :)

[TJM]

Konta na zbyciu niestety już nie mam, wcięło je podczas rollbacków kiedy admin miał jakieś kłopoty.
Jednak nietrudno się wkręcić, wystarczy umotywować jakoś chęć uczestnictwa - projekt cały czas się rozwija i admin potrzebuje trochę alpha-testerów, myślę że jakby się z nim skontaktować, udostępni hasło do tworzenia kont.

[AL]

BTW teraz zczaiłem, że chyba jeszcze mam jakieś jedno zapasowe konto - tylko muszę sobie przypomnieć namiary na nie. Także jak ktoś chętny to odzywać się do mnie na pw.

[stasieks]

Z mila checia zaopiekuje sie samotnym kontem, jezeli ktos ma inny pomysl na liczenie w tym projekcie - prosze o kontakt.  :)

Edit: Juz mam konto w projekcie - email do osob odpowiedzialnych za projekt pomogl.

[Czerwek]

Posiada ktos jakies zupelnie niepotrzebne samotne konto? chetnie przygarne :)

[Szopler]

Znów jest jakiś problem z Hydrogenem...
Wczoraj się dopisałem do projektu - ściągnęło 4 unity. Pierwszy miał cały czas 0%, czas robienia i czas do zakończenia wydłużały się i w końcu Error. Następne próbki - robiły się ładnie do 62,5% i stop, czas leci, czas do końca coraz dłuższy - Abort !!

Ten projekt to jakaś porażka niestety...

[kempler]

Czy ja wiem czy porażka.. Projekt jest stosunkowo nowy. Twórcy ciągle próbują go usprawniać i w związku z tym są problemy. Twój problem wynika prawdopodobnie z tego że twórcy dodają nowe pierwiastki do przeliczanych modeli i zdarza się że brak jest ich  parametrów. Brak parametrów jest spowodowany prawdopodobnie tym że w tej chwili można tworzyć własne WU i chyba niektórzy nie robią tego prawidłowo.

Poza tym to jest Alfa..

[RAD-Poland]

potwierdzam są pewne błędy i to poważne również pod Linuksem, w uszkodzonych próbkach aplikacja nie może otworzyć pliku i blokuje jeden rdzeń startując i kończąc aplikacje aż do ręcznego ubicia procesu

mimo problemów miałem dzisiaj niezłe łowy 30 jednostek  :) w tym 8 błędnych  :-\

póki co trzeba kontrolować pracę tego projektu i nie zostawiać go bez nadzoru (osobiście na noc wyłączam pobieranie nowych próbek)

[Kormiro]

Może się ktoś pochwalić, jak często serwuje Hydrogen próbki do przeliczenia?

2008-05-08 17:37:01|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18672 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:37:06|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:38:06|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18677 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:38:11|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:39:12|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18681 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:39:17|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:40:17|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18684 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:40:22|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:41:22|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18687 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:41:27|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:43:58|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18699 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:44:03|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks

[AL]

Ostatnio ciężko z nimi. Na serwerze często się pojawiają - ale są one chyba tylko dla MAC'owców - bo ta platforma od niedawna zaczęła być obsługiwana przez ten projekt. Może jak już przetestują co mają przetestować to sypną WU i na inne platformy.

[Machloj]

no ja dziennie 1-2 próbki zgarniam...

[Kormiro]

no ja dziennie 1-2 próbki zgarniam...

sprzedaj mi patent ;)

[Kormiro]

Czy ktoś mi może powiedzieć co się dzieje?

2008-05-13 12:30:10|Hydrogen@Home|Starting task nsc2560.mol2_pdb1fcd.pdb_1210672206_9 using autodock version 891
2008-05-13 12:30:29|Hydrogen@Home|[error] Can't rename output file nsc2560.mol2_pdb1fcd.pdb_1210672206_9_0
2008-05-13 12:30:29|Hydrogen@Home|Computation for task nsc2560.mol2_pdb1fcd.pdb_1210672206_9 finished

[Troll81]

Może kwestia uprawnień do pliku/katalogu? Jaki masz system? i jak instalowałeś boinca :D

[Machloj]

no ja dziennie 1-2 próbki zgarniam...

sprzedaj mi patent ;)

komputer włączony 24h na dobę po prostu mam...

[Kormiro]

Winda XP.
przeinstalowałem testowego boinca 6.2.1 na 5.10.45

[stasieks]

Projekt ma problemy z autoryzacja. Nalezy odlaczyc i dolaczyc sie do projektu celem odnowienia klucza.

Please Detach from Hydrogen@Home. We are experiencing issues with the new key and require everyone to reattach. If everyone downloads at the same time, I'm afraid we will have a bandwidth problems. On Monday I will put it back online, if you are user id 1-500, go ahead and attach. Otherwise wait until Wendesday.
-Jack

[Lemurek]

Witam,
chłopaki jak można podłączyć się do tego projektu? Na jaki adres można napisać do leadera tego projektu? Może ktoś dysponuje jakimś wolnym kontem tego projektu? Dzięki za wszelką pomoc.
Pozdrawiam.

[kempler]

Trzeba mieć klucz aktywacyjny. A adres hmmmm ja pisałem ostatnio w związku z inną sprawą na maila ze strony ale zero odzewu  :-\

[Lemurek]

Trzeba mieć klucz aktywacyjny. A adres hmmmm ja pisałem ostatnio w związku z inną sprawą na maila ze strony ale zero odzewu  :-\

Hehe zauważyłem :P Spróbuję napisać na maila jeszcze z głównej strony, gdzie go znajdę?

[TJM]

Akurat z hydrogena zadania można dorwać codziennie, trzeba tylko mieć klienta który niezrażony ich brakiem często requestuje.

[RAD-Poland]

request Boinc najlepiej ustawić co 5 minut, zsynchronizować czas z serwerem i dodać eksperymentalnie 3-6 sek w zależności od łącza net (udawało mi się podczas testów złapać ok 80% wszystkich próbek projektu)  XD - stąd ten okrągły 1k punktów

niestety aplikacja ma błąd i co kilka próbek jest error (pod windowsem tracisz 3-4 sek, a pod Linuksem blokuje aż do ręcznego "ubicia" procesu)
ten błąd uniemożliwia pracę automatyczną z projektem pod Linuksem, Windowsa nie mam, a pod Windows Serwer 2008 RC nie wysyłają próbek :(

[TJM]

U mnie pod linuksem żadnych błędów nie ma, wprost przeciwnie to pod Windows okazjonalnie zdażały się jakieś error-popupy blokujące całego managera, a parę razy nawet zdarzyło się zniknięcie całego BOINCa i managera z procesów z ładnym wpisem o crashu hydrogena na końcu logu.