DrugDiscovery@Home

[sknd]

jechać ci ją (testować w sensie)?

[krzyszp]

jechać ci ją (testować w sensie)?

Tak, poproszę. Tylko z 5, góra 10 minut wystarczy (jak pójdzie).

[Troll81]

A open CL działa na 4770??

[krzyszp]

A open CL działa na 4770??

A Ty mi powiedz... wymagana wersja to 1.1...

Niestety, z kart AMD do dyspozycji mam tylko 7770 i RX 480 (ta ostatnia tylko do końca weekendu).

[Troll81]

niemożna uruchomić programu ponieważ na komputerze nie znaleziono vcomp140.dll

po zainstalowaniu - https://www.microsoft.com/en-ca/download/details.aspx?id=48145
problem nadal istnieje

po zainstalowaniu 32bit wersji

program nagle przestał działać, trwa wyszukiwanie rozwiązania....

[mimeq]

Open CL mam tak

[smg id=10615 type=preview align=center caption="DD@H2"]

[krzyszp]

Open CL mam tak

Możesz w pliku startowym zmienić drugą linijkę na:

Kod [Zaznacz] Rozwiń


./gmx mdrun -nt 1 -gpu_id 0 -deffnm md_0_1

Bo wygląda na to, że apka chce wystartować na obu kartach, a kompilowana jest dla kart AMD... (nie ma kerneli dla OpenCL nVidia).

[sknd]

na linuxie mam tak:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

[ja@komp gmx-linux-cuda]$ sh start.sh
start.sh: linia 2: ./gmx: Nie ma takiego pliku ani katalogu
start.sh: linia 3: ./gmx: Nie ma takiego pliku ani katalogu

cuda zainstalowane, te PATH co pisałeś powyżej wyexportowane...

co robić?

[krzyszp]

Kod [Zaznacz] Rozwiń

#!/bin/bash
./gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
./gmx mdrun -nt 1 -gpu_id 0 -deffnm md_0_1


[Troll81]

Pliki pomagające opisać problem:
  C:\Users\Troll\AppData\Local\Temp\WER8D74.tmp.WERInternalMetadata.xml
  C:\Users\Troll\AppData\Local\Temp\WERAA09.tmp.appcompat.txt
  C:\Users\Troll\AppData\Local\Temp\WERAA39.tmp.mdmp

[sknd]

czmy muszę mieć zainstalowane GROMACS?

[krzyszp]

czmy muszę mieć zainstalowane GROMACS?

no właśnie cała walka odbywa się po to, żeby aplikacja była standalone, bez potrzeby instalacji gromacs'a.

[Troll81]

A czy wiesz co u mnie się kopie??

[krzyszp]

A czy wiesz co u mnie się kopie??

Nie bardzo... Mam podobny kłopot z OpenCL, ale byłem dotąd przekonany, że to przez dwie różne karty zainstalowane w systemie (GTX1060 + ATI7770)...

Generalnie, działanie wersji OpenCL jest mocno problematyczne (przynajmniej na Windows).

[sknd]

czmy muszę mieć zainstalowane GROMACS?

no właśnie cała walka odbywa się po to, żeby aplikacja była standalone, bez potrzeby instalacji gromacs'a.

no u mnie nadal:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

start.sh: linia 2: grompp: nie znaleziono polecenia
start.sh: linia 3: mdrun: nie znaleziono polecenia

a wiem że te dwa polecenia są w składzie gromacs...

[krzyszp]

Dziwne, bo poleceniem jest gmx, reszta to jego parametry. A samo odpalenie "./gmx" co wywala na konsolę?

[sknd]

no daje "bash: ./gmx: Nie ma takiego pliku ani katalogu"

ale może ja nie mam całości potrzebnych plików,, bo po prostu mam w katalogu to co stąd ściągnięte

Kod [Zaznacz] Rozwiń

https://www.dropbox.com/s/v13w0x3z503d6j1/gmx-linux-cuda.zip i nic poza tym, może powinienme zacząć od przeczytania calego tego wątku ;)

EDIT: chyba nie trzeba było nic innego ściągać. no w każdym razie nie hula

EDIT2: doinstalowałem gromacs-5.1-complete, zrobiłem PATH do plik gmx i wyszło tak:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

[ja@komp gmx]$ sh start.sh
                  :-) GROMACS - gmx grompp, VERSION 5.1.4 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov  Herman J.C. Berendsen    Par Bjelkmar   
Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra   Sebastian Fritsch
  Gerrit Groenhof   Christoph Junghans   Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen
Dimitrios Karkoulis    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner 
    Per Larsson      Justin A. Lemkul   Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff
   Erik Marklund      Teemu Murtola       Szilard Pall       Sander Pronk   
   Roland Schulz     Alexey Shvetsov     Michael Shirts     Alfons Sijbers 
   Peter Tieleman    Teemu Virolainen  Christian Wennberg    Maarten Wolf   
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2015, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx grompp, VERSION 5.1.4
Executable:   /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4//bin//gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4/
Command line:
  gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'title'

Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#
Setting the LD random seed to 964890485
Generated 330891 of the 330891 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 330891 of the 330891 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein'
turning all bonds into constraints...
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
turning all bonds into constraints...
Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL'
turning all bonds into constraints...
Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
Analysing residue names:
There are:   209    Protein residues
There are: 12601      Water residues
There are:     4        Ion residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group Protein is 6565.76
Number of degrees of freedom in T-Coupling group non-Protein is 75615.24
Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 300 K
Calculated rlist for 1x1 atom pair-list as 1.035 nm, buffer size 0.035 nm
Set rlist, assuming 4x4 atom pair-list, to 1.000 nm, buffer size 0.000 nm
Note that mdrun will redetermine rlist based on the actual pair-list setup
Reading Coordinates, Velocities and Box size from old trajectory
Will read whole trajectory
Last frame         -1 time  100.000   
Using frame at t = 100 ps
Starting time for run is 0 ps
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 48x48x48, spacing 0.154 0.154 0.154
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.20
This run will generate roughly 1145 Mb of data

Back Off! I just backed up md_0_1.tpr to ./#md_0_1.tpr.1#

gcq#570: "This work contains many things which are new and interesting. Unfortunately, everything that is new is not interesting, and everything which is interesting, is not new." (Lev Landau)

                   :-) GROMACS - gmx mdrun, VERSION 5.1.4 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov  Herman J.C. Berendsen    Par Bjelkmar   
Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra   Sebastian Fritsch
  Gerrit Groenhof   Christoph Junghans   Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen
Dimitrios Karkoulis    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner 
    Per Larsson      Justin A. Lemkul   Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff
   Erik Marklund      Teemu Murtola       Szilard Pall       Sander Pronk   
   Roland Schulz     Alexey Shvetsov     Michael Shirts     Alfons Sijbers 
   Peter Tieleman    Teemu Virolainen  Christian Wennberg    Maarten Wolf   
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2015, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx mdrun, VERSION 5.1.4
Executable:   /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4//bin//gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4/
Command line:
  gmx mdrun -nt 1 -gpu_id 0 -deffnm md_0_1


Back Off! I just backed up md_0_1.log to ./#md_0_1.log.1#

Running on 1 node with total 4 cores, 8 logical cores, 1 compatible GPU
Hardware detected:
  CPU info:
    Vendor: GenuineIntel
    Brand:  Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1230 V2 @ 3.30GHz
    SIMD instructions most likely to fit this hardware: AVX_256
    SIMD instructions selected at GROMACS compile time: AVX_256
  GPU info:
    Number of GPUs detected: 1
    #0: NVIDIA GeForce GTX 650, compute cap.: 3.0, ECC:  no, stat: compatible

Reading file md_0_1.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 40, rlist from 1 to 1.097

Using 1 MPI thread
Using 1 OpenMP thread

1 GPU user-selected for this run.
Mapping of GPU ID to the 1 PP rank in this node: 0


Back Off! I just backed up md_0_1.trr to ./#md_0_1.trr.1#

Back Off! I just backed up md_0_1.xtc to ./#md_0_1.xtc.1#

Back Off! I just backed up md_0_1.edr to ./#md_0_1.edr.1#
starting mdrun 'Protein in water'
5000000 steps,  10000.0 ps.
^C

Received the INT signal, stopping at the next NS step


               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:      499.293      452.751      110.3
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:       11.634        2.063

gcq#176: "Have a Nice Day" (R. McDonald)


[krzyszp]

No wlaśnie tu jest problem...
Chodziło mi o to, czy polecenie:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

./gmx zadziała w katalogu ściągniętym ode mnie prawidłowo... Bez instalacji pakietu gromacs (aczkolwiek, jeżeli jest w repozytoriach to w zasadzie czemu nie? Oprócz zadymy z wersjami... 5.1.4 nie jest zgodna z 2016.1)...

[sknd]

no tylko że nie ma prawa zadziałać, bo w tym co ściągałem, nie ma niczego o nazwie gmx...

[krzyszp]

no tylko że nie ma prawa zadziałać, bo w tym co ściągałem, nie ma niczego o nazwie gmx...

Bo faktycznie go nie dodałem w ferworze walki... Już tam jest.

[sknd]

ok, teraz też działa (oczywiście usunąłem gromacs i musiałem chown i chmod +x gmx )

[krzyszp]

Na serwerze sporo zadań dla vina na Linuksa. Są to wewnętrzne badania, niekomercyjne.

[sknd]

a jak się zapisać do tego projektu? (link z początku wątku nie działa)

EDIT: ok wyguglałem, w razie czego dla kogoś się może przyda: https://boinc.drugdiscoveryathome.com/

[krzyszp]

28go startują krótkie zawody BS w projekcie :)

Właśnie podpalamy kotły pod serwerem, żeby miał dość pary na przyjęcie chętnych :)

[necavi]

28go startują krótkie zawody BS w projekcie

O której?

[krzyszp]

Już od prawie 16 godzin trwają:
https://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/863

[krzyszp]

Jeżeli ktoś jest zainteresowany, aby posłuchać dzisiaj trochę o projekcie:
https://steemit.com/gridcoin/@erkan/meet-the-people-behind-drugdiscovery-home

[Argento]

W powiadomieniach BM czytam: We just have released Smina - a fork of Vina. Smina does same tasks as Vina, just about 10 times faster.. Zastanawia mnie ta różnica w szybkości obróbki WU. Na moich maszynie/nach średni czas dla Vina 0.18 to ok. 5 min a dla Smina już ok. 13 min. A tym samym te ...10 times faster chyba nie działa...  :wth: Zdarzają się też dosyć często WU dla Smina, których czas obróbki oscyluje w granicach nawet 1h, choć w takich przypadkach, jak zakładam przyczyną takich czasów jest złożoność danej WU.

[krzyszp]

A jednak.
Vina wcześniej chodziła na odmiennym zestawie danych wejściowych niż teraz.
Obecnie Smina chodzi na zestawie, który w ogóle nie puszczaliśmy do Viny, bo ta by chodziła dobrze ponad godzinę na nich, a to po prostu nie ma sensu, jeżeli smina zrobi to samo w 10 minut.

[Argento]

I wszystko jasne.  Obie aplikacje nadal będę pracowały równolegle czy ze względu na wyższą wydajność algorytmów Sminy Vina idzie na emeryturę?

[krzyszp]

I wszystko jasne.  Obie aplikacje nadal będę pracowały równolegle czy ze względu na wyższą wydajność algorytmów Sminy Vina idzie na emeryturę?

A tego to jeszcze nie wiem, to zależy od ludzi od "science".
Generalnie, z moich testów wynika, że w 99% przypadków Smina jest po prostu gruuuubo szybsza, ale od tej zasady są wyjątki - nie wszystkie funkcje zostały zoptymalizowane, więc może się trafić kombinacja warunków wejściowych, dla których różnica będzie zerowa. Dodatkowo, nadal nie udało mi się skompilować Sminy pod Windows (jeżeli ktoś jest chętny do pomocy w tym temacie, to zapraszam).

[mimeq]

a co z zapowiedziana opcja dla kolekcjonerow ? badge  :P

[krzyszp]

a co z zapowiedziana opcja dla kolekcjonerow ? badge  :P

Czekam :)
Ale jest postęp - 3 ikonki już dostałem :)

[Argento]

Czy nieopracowane WU, które są zwracane na serwer z powodu przerwania przez użytkownika czy też przekroczenia deadline (itd.) i oczekujące na ponowne  wysyłanie do obrobienia są ujmowane w statusie serwera jako "Tasks ready to send"?

[krzyszp]

Tak

[Argento]

Tak zakładałem. Jednak zaciekawiła mnie sytuacja, gdzie w statusach serwera było brak WU do wysłania, a ja w w momencie sprawdzania owych statusów dostałem kilka jednostek...

[krzyszp]

Status serwera jest trzymany 10 minut w cache strony, dlatego takie WU mogą się pojawić i zniknąć niezauważone.

[Argento]

Krótko i merytorycznie. Dziękuję.

[Argento]

Sypnęło WU  :p_arr:.
Przeglądałem dziennik zdarzeń BM. Natknąłem się na wers, który mnie zaciekawił Tasks won't finish in time: BOINC runs 99.3% of the time; computation is enabled 100.0% of that.. Skąd taki komunikat? Szukam jakiegoś powiązania za stanem faktycznym obróbki WU. Co ciekawe, ten komunikat pojawia się wyłącznie po wysłaniu wyniku obliczeń na danej WU. Natomiast przy wyłączonym odsyłaniu wyniku widoczny jest jedynie komunikat Computation for task smina-mol2...in_0 is finished.

[krzyszp]

To dlatego, że jednym z parametrów przydzielanych próbce jest przewidywana ilość obliczeń (we FLOPS'ach), jednak aktualnie liczone WU mają bardzo duży "rozstrzał" czasu wykonywania (np. pomiędzy 4 a 60 minut), przez co manager trochę świruje.