Nowości w badaniach nad interakcjami białko-białko.

[Aegis Maelstrom]

Ostatnio na forach Rosetty uaktywnili się naukowcy prowadzący badania nad interakcjami między białkami, a dokładnie zajmujący się projektowaniem białka o takiej powierzchni ("interfejsie"), by jak najlepiej pasowało ono do innej, wybranej proteiny.

Tak zaprojektowane białko może posłużyć jako lek, który będzie się łączył z cząsteczkami chorobotwórczymi, działając np. jako inhibitor.

Przez długi czas działania R@H udało się osiągnąć znaczne postępy. Zespół Sarela Fleishmana i spółki opracował nową metodologię i zwalidował ją przepuszczając przez R@H znane interakcje między proteinami, a także projektując nowe interakcje. Co ważne, garść z "prototypów" uzyskała eksperymentalne potwierdzenie.

Zespół pracuje teraz nad białkami wymierzonymi w następujące cele:

- Hemaglutyninę wirusa grypy - glikoproteina pozwalająca wirusowi na łączenie się z infektowaną komórką. Zespół R@H wziął to białko z łańcucha grypy pandemicznej (w tym "świńskiej", Hiszpanki etc.) i pracuje nad białkiem, które się z nim połączy, a jednocześnie będzie łatwiejsze w produkcji niż, już odkryte, antyciało. Wstępnie uzyskano wiele obiecujących kandydatur, już wkrótce będziemy w R@H dokładnie testować 15 z nich!

- Białko 2CGQ prątka gruźlicy - wrednej bakterii, coraz groźniejszej z powodu rosnącej popularności szczepów odpornych na znane antybiotyki. Białko 2CGQ odpowiedzialne jest za syntezę kwasu mikolowego - jednego z kwasów tłuszczowych tworzących ścianę komórkową tej bakterii. Z kolei ta nietypowa ściana jest ważnym powodem dużej odporności prątka na leczenie. Celem Tima Whiteheada jest opracowanie inhibitora białka 2CGQ, co zaburzyłoby powstawanie ochronnej ściany.

- Fc region ludzkiego antyciała, które łączy się z wieloma znanymi białkami. Celem tego badania Evy-Marii Strauch jest dopracowanie metod symulacyjnych w R@H i odtworzenie zachowań znanych z przyrody - w tym szukanie nowych połączeń i ich późniejsza weryfikacja. Docelowo naukowcy powinni poznać odpowiedź jak dobre już są ich metody i czego jeszcze nie wiedzą na temat połączeń.

Jak widać, cała zabawa jest już bardzo interesująca, a docelowo dopracowana Rosetta będzie mogła posłużyć do projektowania wielu leków: zarówno przeciwko wirusom, bakteriom, jak i np. komórkom rakowym.

Minusem jest to, że poszukiwania przystających powierzchni białko-białko wymaga większych mocy obliczeniowych. Dotyczy to m.in. problemu hemaglutyniny - stąd prośba naukowców o naszą pomoc! :)

Więcej w tym wątku.

Postaram się później wrzucić to jako news.

[Pantarhei]

Kurna, żeby jeszcze ta Rozetka ździebko więcej punktów dawała. Skoro chcą większej mocy niech dadzą więcej punkciorów.  >:(
To mój ulubiony, choć zaniedbany przeze mnie projekt.

[Troll81]

popieram wszystkimi 4 łapami :D może by tak petycję do admina projektu??

[Aegis Maelstrom]

Rozetka ma swoje forum, to najstosowniejsze miejsce, by o to suszyć głowę. :)

Co prawda poruszano już ten temat szereg razy, a paru bywalców napisało wyraźnie, że nie są tam dla punktów, niemniej próbować można. Szczególnie, że projekt naprawdę słabo karmi, a do tego jest "problemowy" (a to rzadkie checkpointy, a to jakieś problemy ze wznowieniem, a to duża konsumpcja RAM i zamulenie komputera...). Te wszystkie problemy są naturalne z uwagi na naturę projektu (testowanie nowego kodu, algorytmów, parametrów i cząsteczek) - ale IMVHO powinny być jakoś uwzględniane. Może niekoniecznie przez inflację punktowa taką jak niektóre nam znane projekty  ::) ale normalizacja by się przydała.

Im więcej osób poruszy problem, zwłaszcza merytorycznie i komunikatywnie, tym lepiej. :P

P.S. Czy taki sposób informowania jest za mało / zbyt bardzo szczegółowy? Powiem szczerze, że takie tłumaczenia i streszczenia dla nie-biochemika to wyzwanie...  %)

[Kryniek]

Ciekawe wieści piszesz Aegis Maelstrom? Masz coś wspólnego z biochemią czy jesteś dobry w tłumaczeniu. Mam wrażenie że kumasz czacze jak piszesz na "te" tematy. :respect:

Jednocześnie dałeś mi wiele do myślenia i mam dylemat czy nie przerzucić się teraz z POEM na Rozetkę XD

Ps. Pantarhei --> policzył byś chociaż raz dla nauki a nie punktów :P

[Aegis Maelstrom]

Ciekawe wieści piszesz Aegis Maelstrom? Masz coś wspólnego z biochemią czy jesteś dobry w tłumaczeniu. Mam wrażenie że kumasz czacze jak piszesz na "te" tematy.

Hehe, dziękuję ale niestety, ani jedno ani drugie.  8)

Po prostu staram się wiedzieć: 1) co się dzieje u mnie na komputerze 2) co piszę. Staram się na bieżąco czytać o projektach, ale i tak by zrobić krótkie tłumaczenie muszę swoje poszperać w sieci, by choć pobieżnie wiedzieć "o co cho". Z tego względu taka notka zabiera sporo czasu. Mam nadzieję, że choć rzuca to choć trochę światła na naukową stronę naszego hobby. :) I mamy okazję odświeżyć podstawową wiedzę, np. z biologii.

Przepraszam tylko za błędy merytoryczne lub tłumaczenia. Czasem mogę odnieść z tekstu mylne wrażenie (zazwyczaj źródła i tak są uproszczone dla laika, na "hard stuff" nie mam czasu ani teraz dostępu); do tego czasem trudno znaleźć w Internecie tłumaczenie - np. protein interface - chodzi o "powierzchnię" białka - czyli jakie atomy i wiązania "wystają" i jak się łączą z innymi cząsteczkami.

Jednocześnie dałeś mi wiele do myślenia i mam dylemat czy nie przerzucić się teraz z POEM na Rozetkę Lol

Prawda? Też się rozgrzałem. %)

Powiem jeszcze, że z wielu projektów dochodziły takie ciekawe wieści: było więcej z Rosetty, w grudniu nastąpiły bardzo poważne zmiany w QMC, słychać coś z WCG... dzieje się. Czasem powoli, często informacja o sukcesie gdzieś utyka, ale prace chyba trwają. :D

Mam nadzieję, że taka lektura pomaga. Sam znam angielski, a i tak po przetłumaczeniu to nie jest to samo.

[Machloj]

świetna robota Aegis  :respect:

aż uczczę ją dobiciem Rossetki do 500k :) - przełączanie z WCG rozpoczęto ;)

[Pantarhei]

Ps. Pantarhei --> policzył byś chociaż raz dla nauki a nie punktów :P

O nie! nigdy!  >:(
A poważnie to rozetkę zawsze trochę liczę. Jakby więcej dawała to bym pewnie liczył ja wyłącznie.

Rozetka ma swoje forum, to najstosowniejsze miejsce, by o to suszyć głowę. :)

Trzeba będzie zajrzeć na to forum.

A może by tak oficjalne, jako narodowa drużyna, zwrócić się gdzie trzeba z prośbą o zwiększenie dojności.
Ktoś by to ładnie po angielsku sformował, przedstawił racje. Podpisali by się pod tym nasi członkowie (w sensie, że ich nicki by sie tam znalazły). Miało by to większe szanse powodzenia niż mozolne drążenie skały

[TP]

Niejedne już próbował, niejedna "narodowa drużyna", ale Panowie z Rosetty są na nasze prośby, błagania, sugestie .... głusi... %)

Niemniej jednak im więcej będzie tego typu głosów, tym większa szansa, że może coś w końcu drgnie w tej sprawie... może się doczekamy, a może nie  :deadman:

[Pantarhei]

Wiec spróbujmy.
Przynajmniej powinni nam odpisać dlaczego nie zwiększa. Ciekawie będzie poznać powody.

[Aegis Maelstrom]

Notkę uzupełniłem o późniejsze nowinki i wrzuciłem na wiki - proszę o dodanie do spisu wiadomości. Aha - antydatowałem to o tydzień. :D

http://www.boincatpoland.org/wiki/7_lutego_2010_Rosetta_bada_kolejne_interakcje_bia%C5%82ko-bia%C5%82ko

Sorki za laga, ale też mam wiele rzeczy na głowie. :( :(

Pozdrawiam. :)

[Kryniek]

Świetne, życze więcej takich artykułów ;)
Ps. to jest właśnie to co mi się w B@P najbardziej podoba, takiego dorobku merytorycznego o BOINC można nam pozazdrościć.

[Machloj]

Aha - antydatowałem to o tydzień. :D

no nieeee! Ty to takich rzeczy więcej nie rób! :D nie mogłem się przez jakiś czas nadziwić, że tego jeszcze nie zauważyłem :)

świetny art! dzięki!  :respect:

[kempler]

Jest news na głównej.

[Troll81]

 :respect: :parrrty: :attack:

[apohawk]

Notkę uzupełniłem o późniejsze nowinki i wrzuciłem na wiki - proszę o dodanie do spisu wiadomości. Aha - antydatowałem to o tydzień. :D

http://www.boincatpoland.org/wiki/7_lutego_2010_Rosetta_bada_kolejne_interakcje_bia%C5%82ko-bia%C5%82ko

Sorki za laga, ale też mam wiele rzeczy na głowie. :( :(

Pozdrawiam. :)

Właśnie sobie to przeczytałem i przy info o IL23, poczułem się, jakby to Spock powiedział, "emotionally compromised". Nie wiem nawet, na ile mnie to dotyczy, ale ta dziwna plątanina emocji i tak jest i dlatego podziękowania i :respect: dla wszystkich, którzy w tym czasie przeliczyli IL23.

[Aegis Maelstrom]

Dni i lata lecą, nie miałem czasu pisać szerzej o BOINC i porobiły się okropne zaległości. Także w tym wątku.

W linkowanym wyżej niusie mieliście skrótowy opis nowych badań w R@H. Od tego czasu zdarzyło się wiele.

Po pierwsze, doszli nowi badacze i cele badań:
- nowy człowiek James Moody zajął się projektowaniem "interfejsu" do łączenia się z cząsteczką regulacyjną znaną jako EED, która może regulować które fragmenty DNA zostaną wyłączone. Obecnie mechanizm działania EED nie jest w pełni znany i nie był znany żaden lek mogący blokować tę cząsteczkę.
- Eva Strauch wzięła się za kolejny projekt: tworzenie nowego molekularnego narzędzia dla wyodrębnienia podziału komórkowego na przykładzie bakterii.
- projekt inhibitora interakcji między dwoma proteinami obecnymi w ludzkich komórkach: ERGIC-53 oraz MCFD2. Związek między tymi cząsteczkami wciąż nie jest w pełni znany; wiemy, że pewne podpopulacje mają mutacje w ERGIC-53 lub MCFD2, skutkujące zaburzeniami krwawienia.
- inhibitory innych białek ważnych w działaniu komórek, m.in. RhoA, mające blokować ich konkretną funkcję.
- projekt cząsteczek mających służyć konstrukcji prostego, taniego, niewymagającego specjalnych warunków testu diagnostycznego, pozwalającego wcześnie diagnozować potencjalnych chorych na szeroką skalę by zapewnić im odpowiednie leczenie. Pierwszym celem był wirus dengi.
- najnowszy(?) nabytek Shawn Yu zachęcony sukcesami z wirusem grypy zaczął szukanie białek mogących blokować wirusy odry oraz eboli - chorób odpowiedzialnych za wiele śmierci w krajach słabo rozwiniętych.

Na deser duży sukces:
Projekt stworzenia protein łączących się z hemaglutyniną wirusa grypy zaowocał m.in. artykułem w Science! Zespołowi udało się dostarczyć około 80 kandydatów do łączenia się z wirusem grypy; dwie z tych protein łączą się z wirusami grypy Hiszpanki i grypy ptasiej całkiem ściśle, jedna wykrystalizowana w obecności hemaglutyniny grypy Hiszpanki pokazała, że komputerowe symulacje były wyjątkowo dokładne.

Udany projekt proteiny blokującej działanie hemaglutyniny wirusa grypy jest dla mnie dużym sukcesem, zwłaszcza że może posłużyć jako odskocznia do produkcji leków i testów diagnostycznych dla różnych typów wirusów grypy.

Co więcej, projekt dostarczył wiele wiedzy na temat projektowania białek przeciwwirusowych; to nie ostatnie taki badanie więc nie jest więc za późno by się przyłączyć do walki z wirusami. :D

To oczywiście nie wszystkie nowości; mam nadzieję, że uda się wypichcić np. jakiś news na wiki. :)

[AL]

Brawo! R@H to jeden z pierwszych projektów który pojawił się na platformie BOINC wkrótce po przeniesieniu się na tę platformę S@H. Moim zdaniem jest to też chyba projekt, który mieści się w czołowej trójce projektów - które przyniosły największe realne i mierzalne efekty dla nauki.

[Troll81]

Ano
Rosetta uber alles :D

[milka0013]

Witam


Z góry przepraszam za odkopanie wątku. Pisze własnie prace inżynierską o zastosowaniu grafów i sieci w interakcji białko-białko. Nie jestem z wykształcenia biologiem a informatykiem. Czy bylibyście wstanie polecić mi jakieś publikacje które pozwolą mi zrozumieć zagadnienie?

[Troll81]

ależ proszę :D - https://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_publications.php