Nowy rodzaj jednostek - LigDes

[Aegis Maelstrom]

W wątku na forum Rozetki nowy członek zespołu Bakerlab, postdoc (czyli naukowiec już z tytułem doktora nie mający jeszcze pełnej profesorskiej tenury) Rocco Moretti informuje o najnowszym nowym rodzaju jednostek.

Nowe zadania nie będą się zajmować ani tradycyjnym dla R@H problemem przewidywania struktury przestrzennej białka, ani też nowszymi poszukiwaniami białek do odpowiedniej interakcji białko-białko ale czymś jeszcze innym: interakcjami białko - mała molekula. Jednostki te będą oznaczone jako LigDes, co jest skrótem od ligand binding protein design - projektowania protein łączących się z ligandami.

Wcześniej Rosetta@home zajmowała się nieco zbliżonymi kwestiami protein łączących się z cynkiem albo z drobnymi ligandami, ale o ile wiem nigdy w takiej formie. Obecny zestaw jednostek będzie służyć przeprojektowaniu genetycznego regulatora, by rozpoznawać różne drobne molekuły. Żywe organizmy mają kilka sposobów na włączanie odpowiednich genów w odpowiedzi na warunki środowiskowe, a jednym z nich jest wykorzystanie odpowiednich białek łączących się z drobnymi molekułami. Takie białko po połączeniu z molekułą zmienia się na tyle, by przestać łączyć się z DNA, co powoduje zaprzestanie blokowania odpowiedniego genu i jego aktywację.

Badania będą polegać na wzięciu takiego naturalnie występującego regulatora i takiej jego modyfikacji, by wiązał się z innymi molekułami (czyli reagował na inne molekuły = sytuacje środowiskowe). Umiejętność tworzenia takich regularotorów powinna być cenna dla biologii syntetycznej, umożliwiając kontrolę nad wieloma genami przy pomocy wielu sztucznych regulatorów.

Powyższe badania będą prowadzone we współpracy z naukowcami z laboratirium George'a Churcha na Harwardzie. Koledzy z Harwardu potrafią stosunkowo prosto zmaterializować dużą liczbę zaprojektowanych komputerowo protein w fizyczną postać w prawdziwej próbówce i to przetestować. :) Testy wiązań z molekułami są stosunkowo proste, więc prawie wszystkie projekty dostarczone przez Rosetta@Home powinny być przetestowane fizycznie.   

Pozostaje życzyć wiele mocy obliczeniowej i przyjemności z oglądania białek łączących się z molekułkami na wygaszaczu! :)

[Troll81]

KOlejny powód by rozetke ciągnąć do 10KK :D

[Tobas]

Zapewne będzie następnym PM, więc będzie okazja!

[Aegis Maelstrom]

Wpis przeformatowałem i umieściłem jako news z 27 czerwca.  :ahoy:

Link: 27 czerwca 2011 Nowe jednostki w Rosetta@Home - LigDes

[Troll81]

 :parrrty:

[GRID]

super !!!

[Aegis Maelstrom]

Jak wspominałem w jednym z wątków, Wasz usłużny informator Rozetowy trzyma rękę na pulsie (obiecuję w wolnym świątecznym czasie zamieścić nawet zaległe archiwalne newsy do poczytania). Dotyczy to też tego tematu.

Ponieważ niedługo minie pół roku od oryginalnego wpisu Rocco Morettiego, a sam jednostek LigDes dawno nie widziałem, zapytałem się na forum Rosetta@home o stan jego prac. Było to pytanie dość wczesne i na nagłe ogłoszenie końca prac i sukcesu nie było co liczyć, chciałem Wam jednak zreferować "jak idzie". :)

Co pozytywne, odpowiedź otrzymałem już po paru godzinach.
O ile rozumiem Morettiego, wieści są niestety mieszane. Przeliczanie poszło sprawnie i tu jest plus. Teraz niesety czekamy z postępem prac na rozwiązanie dwóch kwestii u partnerów laboratorium Bakera w laboratorium Churcha na Harwardzie. Pracuje się wciąż nad:
1. Poprawą procedury testowania rozwiązań zaproponowanych przez Rosettę (czyli testem odróżniającym białko łącze się dobrze od białka łączącego się słabo)
2. Metodą prędkiej syntezy tak dużych białek (gdyż nowością ma być możliwość przetestowania bardzo dużej liczby propozycji przygotowanych przez komputery liczące Rosetta@home).

Prace trwają, ale za wcześnie na otwieranie szampana. :) Obecnie o ile wiem liczone są w Rozetcie inne projekty badawcze.

Będę jednak trzymał rękę na pulsie i informował drużynę.  :parrrty:

P.S. Myślę, że aktywni członkowie BOINC@Poland i w ogóle ochotnicy BOINC częściej powinni kontaktować się z projektami - do czego osobiście zachęcam!  :attack:

[Troll81]

 :respect: