Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 - nowa seria WU już dostępna

[_Aleksander_]

Dobra informacja dla liczących podprojekt DDDT2 - nowa grupa WU jest już dostępna do obliczeń!
Proponuje napełniać bufory, bo nie wiadomo na jak długo starczy nowych WU.

Projekt z założenia dostarcza WU w sposób nieciągły, tzn. analiza poprzednich próbek pozwala wygenerować następne i przerwy mogą trwać nawet kilka miesięcy.

[AL]

Dzięki za cynk, może chociaż uda się zabuforować próbek do choć brązowej odznaki.

[mimeq]

Kod [Zaznacz] Rozwiń

2011-11-30 23:44:24 | World Community Grid | work fetch resumed by user
2011-11-30 23:44:37 | World Community Grid | Sending scheduler request: To fetch work.
2011-11-30 23:44:37 | World Community Grid | Requesting new tasks for CPU
2011-11-30 23:44:40 | World Community Grid | Scheduler request completed: got 0 new tasks
2011-11-30 23:44:40 | World Community Grid | No work sent
2011-11-30 23:44:40 | World Community Grid | No work is available for Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 (Type A)
2011-11-30 23:44:40 | World Community Grid | No work available for the applications you have selected.  Please check your settings on the website.


:dunno:

Aha chyba wiem - only linux:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

2011-11-30 23:50:54 | World Community Grid | (there was work but it was committed to other platforms)


na clouda weszlo:

Kod [Zaznacz] Rozwiń


15942 World Community Grid 2011-11-30 23:49:41 Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 457956 seconds of work, reporting 0 completed tasks
15943 World Community Grid 2011-11-30 23:49:46 Scheduler request succeeded: got 1 new tasks
15944 World Community Grid 2011-11-30 23:49:50 Started download of wcg_dddt2_charmm_6.40_i686-pc-linux-gnu
.....

[emik]

na win7_64 też pobiera - troszkę cierpliwości

_Aleksander_ :parrrty: za czujność i info

[AL]

Mi pobrało tylko kilka na Win 7 64.

[mimeq]

Mi dokladnie 4 szt WU na czterordzeniowke z ustawionym buforem na 10 dni  :wth: (WIN7)

[aborek]

Dzięki za info - ja na razie 1 WU

[AL]

Mi w sumie chyba z 12 pobrało na początku i od tego czasu susza.

[Pigu]

u mnie również polowania bez większego rezultatu

[AL]

Wszytkie już przeliczone, odesłane i w pendingu - co do jednego.

[emik]

ja dostałem 7 sztuk - odznaki w tym projekcie będą bardzo cieszyć

[migawron]

Ja na win 7 x64 pomimo 10 dniowego bufora nie dostałem ani jednego WU :(

[_Aleksander_]

Nowa grupa WU jest już dostępna do obliczeń, właśnie złapałem parę sztuk!

Proponuje napełniać bufory, bo nie wiadomo na jak długo starczy nowych WU.

[AL]

Mi się kilka raptem złapało.

EDIT

Dziś sypnęło całkiem konkretnie (kilkaset wu). Do tej pory łapało mi po 10-14wu, przeliczało je i po kilku godzinach łapało kolejną taką małą partię. Teraz mam tego tyle, że muszę wstrzymać pobieranie by zdążyć przeliczyć i odesłać to co mam przed deadlinem.

[_Aleksander_]

Nowa grupa WU jest dostępna do obliczeń, od kilku godzin wpada mi po parę sztuk!

Proponuje napełniać bufory, bo nie wiadomo na jak długo starczy nowych WU.

[goofyx]

Nowa grupa WU jest dostępna do obliczeń, od kilku godzin wpada mi po parę sztuk!

Proponuje napełniać bufory, bo nie wiadomo na jak długo starczy nowych WU.

dzięki za info.
przestawiam 20 maszynek :)
brakowało mi tego projektu do odznak.

[Kryniek]

Mi też brakuje do odznaki.
Dzięki za info.

[Tobas]

Tylko że już chyba nie ma żadnych próbek. Wszystkie wyssane  >:(

[andy101fah]

No tak, koledzy od szafirowych odznak wyssssssali wszystko  :wth: :wth: :wth:

[Kryniek]

Są, bo mi się pobierają co jakiś czas. Tylko że trzeba ustawić tylko ten projekt, bo ma on jakiś słaby priorytet.
Chociaż racja, nieregularnie ściągają się próbki ;)
Ostatnio jak puścili porcję próbek to starczyło na trochę, więc nie denerwujcie się Panowie.

[AL]

Obaczymy - póki co susza.

[Tobas]

Jedna z moich linuxowych maszynek zassała ponad 300WU
Czy ktoś bawił się w przenoszenie WU pomiędzy kompami?
Jest to możliwe? Bo chyba nie dam rady się zmieścić w DL

[AL]

Kiedyś ktoś próbował, ale nie pamiętam czy mu się udało.

Mi też pobrało sporo wu i wciąż pobiera, zobaczymy czy zdąże je przemielić .

[Troll81]

zamknij system zrób obraz dysku. podepnij do identycznej maszyny i obie maszyny odpal bez dostępu do neta. następniena jednej maszynie skasuj połowę próbek a na drugiej druga połowe :D

[Kryniek]

Mi też pobrało sporo wu i wciąż pobiera, zobaczymy czy zdąże je przemielić .

Hej, nie szalejcie bo dla nas WU nie starczy %) XD

[lukaszja]

Jak Wy to robicie? Mi z łaski projekt rzuci czasem kilka WU, przy 6 jajkach chodzą najczęściej 4... >:(
Żeby nie było - zapas mam ustawiony na 10 dni, a wszystkie inne projekty są niezaznaczone!

[AL]

Ja właśnie miałem zapas ustawiony na 0,1 dnia i jak daliście cynk - to przestawiłem na 10 dni. Z początku pobrało 4 wu, podczas gdy liczyły się jeszcze stare jednostki Computing for Clean Water. Zanim doliczyły się do końca - miałem już pobrany buforek ok. 20wu i wciąż rośnie.

[Kryniek]

Wyłapał ktoś może ostatnio jakąś próbkę w projekcie?

W statusie projektów ilość dni do przeliczenia dziwnie zmalała z 575 do 51 dni i powoli spada, więc tak jakby próbki wysyłali. Tylko że nic nie mogę złapać. A przydałoby mi się parę próbek do czerwonego bagensa ;)

[Tobas]

Raczej nic nie było - mam 8 kompów "czyhających" na te próbki.
Cisza na morzu  :wth:

[Bezprym]

Też zauważyłem, że maleje czas do zakończenia projektu na zestawieniu.

Jednak do lipca ten projekt nie wysłał żadnej próbki:

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProjectsHistory.do?projectShortName=dddt2&numRecordsPerPage=365

Ale może coś jeszcze zaserwują :)

[_Aleksander_]

Na pewno będzie nowa seria próbek (jest już w WCG na alfa testach) i prawdopodobnie wystawią ją na początku grudnia.
Tak informacja pojawiła się kilkanaście dni temu na forum WCG.

[Bezprym]

Już się nie doczekamy pracy w tym podprojekcie. Dostał status Completed, cztery dni temu na forum opublikowano podziękowania ochotnikom na wkład:

Hello again to the members of World Community Grid. With this update, we announce that we are ready to call our projects completed. We thank World Community Grid, its member volunteers, and their computers for their help.

The major advanced from this project are as follows:

1) All calculations necessary to fully evaluate Phase 1 and Phase 2 of "Discovering Dengue Drugs – Together" have been completed. We are moving this project to a "completed" status and are assembling our results for posting on our web site. At this point, our calculations, which have used a combination of World Community Grid distributed computers and supercomputers from the Texas Advanced Computer Center (TACC; Austin, TX), have identified several new dengue protease inhibitors. These inhibitors have been validated in our laboratories using rigorous biochemical and cell culture assays. Most of these lead compounds inhibited both dengue and West Nile virus proteases. A handful of analogs developed from our initial computer-discovered dengue leads have entered crucial pre-clinical pharmacokinetic and efficacy studies. Thus, our World Community Grid project has been invaluable in helping identify dengue and West Nile protease inhibitors. We will be working over the next several years to turn these inhibitors into small molecules with properties suitable for human clinical trials.

2) Phase 2 of our project combined the computer resources of World Community Grid and TACC to provide unparalleled computing power to calculate the free energies of binding for several diverse proteins and a large number of potential ligands. We hypothesized that these extensive molecular dynamics calculations would provide statistical mechanical conformational ensembles from which we could accurately calculate free energies of binding. This was developed as a robust method to identify false-positive hits and more accurately discriminate between inhibitors and non-inhibitors. Unfortunately, calculations of the free energy of binding for a number of different protein:ligand systems did not match experimental measurements. Moreover, as we tested greater numbers of systems (facilitated by the combined computer resources of World Community Grid and TACC), we observed that an unacceptably large number of free energy calculations incorrectly predicted that known non-inhibitors would bind to a protein target. Thus, we conclude that the current state of free energy of binding calculations are not yet able to discriminate between binders and non-binders for every protein system However, as we reported earlier, there are some systems (e.g., lysozyme) where the free energy of binding calculations provided excellent discrimination between binders and non-binders. This work has shown that our current Phase 2 calculations are valuable at discriminating between true and false-positive hits for some target proteins, but not for all systems. We will continue our efforts to develop robust free energy of binding calculations that can be applied to a larger set of target proteins. This basic research project will not require the massive computing resources of World Community Grid at this time.

As always, we appreciate the time, effort, and dedication of World Community Grid members. The advances we are making in better understanding drug discovery software and its current limitations could not have been made without your efforts and your computer cycles.

Sincerely,
Stan

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34893_offset,0

[_Aleksander_]

Trochę osób się pewnie zmartwiło.... :wth:

[Troll81]

Ja raczej jestem szczęśliwy. Zakończyliśmy etap. Można iść dalej. Jesteśmy krok bliżej do znalezienia leku.....

[Kryniek]

Witam po dłuuuuuższej przerwie.

Projekt DDDT już się skończył. Ale warto nadmienić, że jedna z chorób na którą szukał lekarstwa (WZW typu C) już jest wyleczalna! :)

Kod [Zaznacz] Rozwiń

http://www.wprost.pl/ar/377741/Innowacje-w-farmacji-Przelom-w-leczeniu-wirusowego-zapalenia-watroby-typu-C/

Co prawda raczej nie dzięki DDDT, ale ważne że jeden problem medyczny został rozwiązany i sporo ludzi na świecie przestać myśleć, że w przyszłości czeka ich marskość lub nowotwór wątroby.

[Troll81]

 :parrrty: